十二月初四（1865年1月1日），左军中路黄少春进至漳州北溪，与高连升会同进攻李世贤。二十八日，闽粤清军占领永定县。同治四年一月二十四日（2月19日），清延建邵道康国器率军攻占九龙江上下游咽喉要地——龙岩，切断了李世贤与汪海洋两军的联络。二十七日，刘典、王德榜联军大破汪海洋之军于连城新泉，使其精锐丧失过半。二月初四（3月1日），刘典、王德榜等占领汀州、连城间的南阳乡，太平军走上杭、永定。初七日（3月4日），刘典、工德榜又在上杭白沙击败汪海洋部。
三月初三日（3月29日），李世贤派军分由崎下桥、北尾桥、打鼓山出城进攻，被黄少春、高连升等部击败。
二月初，李鸿章派郭松林、杨鼎勋两军8 000人（配有洋枪）坐轮船由海道援闽，分别于三月初五、三月十七日抵厦门。左宗棠令其分道进海澄、漳浦，以攻漳州府南。十六日，郭松林联合高连升、黄少春击败李世贤部。十八日，李世贤屡攻清军漳州以北营垒，均被击退。左宗棠再调刘明灯五营取道福州，由兴、泉赴安溪，增加进攻漳州兵力。他本人也于四月十五日（5月9日）抵福州，就近督战。四月中旬，淮军郭松林、杨鼎勋等，左军王德榜等分别在漳州南面和西北击败太平军，合围漳州府城。二十一日（5月15日），高连升、黄少春见乌头门与东北楼内的寨势成掎角之势，认为要想攻克漳城，必先破楼内的贼寨；想取得楼内，必先破乌头门的贼垒，于是会商刘清亮、王德榜、郭松林、杨鼎勋各军，分路齐进，乌头门十四垒被次第攻毁。太平军伤亡惨重，余部向南靖退却。各军乘机攻城，李世贤率军巷战不胜，由西门撤出。至深夜，各军陆续入城，太平军在闽南的重要根据地漳州陷落。次日，南靖也被追击而至的王德榜军会同刘典军攻陷。
三月下旬，刘典、康国器分路进攻汪海洋部。四月中旬，汪海洋南走广东大埔（旧治在今大埔县以北），因遇广东清军阻击，又折回闽南。四月二十五日（1865年5月19日），汪海洋、李远继、谭体元兵分七路进攻永定，清军在狮龙岭伏击获胜，翌日再战，汪海洋再败，损失严重，后撤向西北，据守上杭、中都一带。永定解围。这一仗，康国器以八千之众击败太平军七万人，主要靠抬枪之力，熟悉地形。左宗棠对康国器以少胜多，予以嘉奖。
李世贤撤出漳州后，即退向粤闽交界的平和县，王德榜、高连升、黄少春等部清军紧追不舍，太平军伤亡颇众。四月二十七日（5月21日），淮军郭松林、杨鼎勋两部，相继攻陷漳浦县城，五月初一日（5月25日），再陷云霄厅及福建东南端的诏安。五月初二（5月26日），康国器派康熊飞各营会同王开琳部截击，李世贤军大败，降者达万余人，李世贤带伤连夜率十数骑乘马过河逃脱，其军散亡略尽。次日，杨鼎勋等军分路追杀，宗王李学金战死，天将何春贵等率余部两万余人降于王开琳。来王陆顺德、天将林正扬率部撤入广东境内，五月初七（6月2日），占领镇平县。至此，闽南太平军只剩下汪海洋一军数万人，在上杭、中都一带活动，于是清军追剿太平军余部的主要战事从福建转入广东。
