曾国藩见他口无遮拦，但所言者却是他心里想的。咸丰帝外怕洋人，内惧汉官，早在六年前，湘军攻克武汉，咸丰已下了谕旨，授他湖北巡抚，未待他写好辞折便又收了回去。
如今江南大营瓦解，何桂清临阵脱逃，咸丰急得寝食俱废，与肃顺商量让谁做两江总督。咸丰说让胡林翼去做，让曾国藩做湖北巡抚。肃顺奏称，六年前已授过他湖北巡抚，然后收回，如今再授之此职，显得皇上恩德不重，不如直接以曾为江督，曾胡二人感情甚洽，二人合作，东南的事一定可以做好。
曾国藩知道内情之后，内心十分愤懑：自己领湘军冲杀这么多年，在四顾无人时，皇帝仍不肯放权给他，宁可把江督授给胡林翼。皇帝对他寡恩如此！自己憋在肚子里，真不如左宗棠骂出来痛快。
曾国藩既得两江总督之位，控制了长江两岸的局面，便让左宗棠率楚军下江西，他专力进攻安徽。
左宗棠也深知，此时是自己乘势而起之时，便听从曾国藩，挥师入江西。
1860年9月末，楚军进入江西。一路与小股太平军接触，打了几个胜仗，11月初抵达景德镇。太平军从南康、赣州挺进景德镇，左宗棠派王开琳率军迎战，三战三捷。太平军再攻德兴，左宗棠派王开化、杨昌浚在香墩埋伏，奇袭得胜，占领德兴。两天后，又在婺源击败太平军，打得德兴、婺源太平军败回浙江。
左宗棠出师实战，尽得全胜。
由于湘军全力攻皖南，包围了陈玉成的驻地安庆。安庆是南京西南的重要门户，据长江中游，扼鄂、豫、苏、浙、赣五省咽喉。太平军为解安庆之围，以陈玉成、李秀成两军沿江西进攻武汉，以便牵动包围安庆的湘军。
但是，曾国藩深知安庆的重要性，他宁可冒武汉被破之险，而绝不撤安庆之围。
于是，在长江两岸，再度出现了血战。这次血战，左宗棠的楚军发挥了很大作用。
“西征”南路大军三十万由李秀成、李世贤、黄文金等将领率带，由苏南、浙江经江西向武汉推进。黄文金数万人一路西进，接连攻克彭泽、昌都、鄱阳。攻克婺源后，左宗棠准备进攻徽州。他见黄文金攻势猛烈，便收兵回守景德镇、婺源、浮梁，堵击黄文金的西进。
黄文金绰号黄老虎，少年即参加太平军金田起义，作战十分英勇，是攻破江南大营的主将之一。12月中旬，黄文金五万人马与楚军战于马鞍山，左宗棠趁其立足未稳，发起猛攻，取得胜利。
黄文金自然不肯认输，整军再战。曾国藩驻守祁门，闻左宗棠与黄老虎大战，知楚军兵力不足，楚军如果失败，黄文金兵进祁门，包围安庆的大计将受到极大影响。
太平军准备再度大举进攻，曾国藩急忙调鲍超部队增援。鲍超是有名的勇将，左宗棠则善于谋略，二人定下一计，由鲍超率部正面出击，楚军守屯，另外派一支人马埋伏后路。1871年1月，性子急躁的黄文金欺楚军兵力单薄，冒着大雪进攻楚军。鲍超性子更急，催军迎战。黄文金只顾迎击鲍军，而其进路突为楚军所阻。鲍军如风雷之势，向黄文金发起攻击，一举歼灭其4 000余人。左、鲍率部乘胜追击，连占德兴、广信。楚军这一胜利，使祁门湘军转危为安，曾国藩亦绝处逢生。于是他上奏清廷，为左宗棠表功，“以数千新集之众，破十倍凶悍之贼，因地利以审敌情，蓄机势以作士气，实属深明将略，度越时贤”，“臣在祁门，三面皆贼，仅留景德一线之路以通接济，该逆欲得甘心，赖左宗棠之谋，鲍超之勇，以守则固，以战则胜，乃得大挫凶锋，化险为夷”。清廷下诏给予嘉勉，并提升左宗棠为太常寺卿，改帮办江南军务。
左宗棠成了两江总督军务的副统帅。
