政治腐败的另一个重要问题是“冤狱太多，民气难伸”。这是曾国藩在其《备陈民间疾苦疏》反映的又一重大社会问题。他署理刑部侍郎期间处理了一批案件，他发现每一案件都有一个共同特点，最后的判决令人啼笑皆非，一律以原告虚告、诬告结案，原告或被杖打，或被流放，而被告都是没有错的。老百姓到京城告状，叫做“京控”，往往是发还原省处理。省里的处理方式极其简单，“首府为同寅弥缝，不问事之轻重，一概磨折恫吓，必使原告认诬而后已。”省里担心京城指责，不问事情轻重，一律采取肉体折磨与精神恫吓的办法，直到原告承认是诬告，才结案。这是一种非常普遍的现象。曾国藩说：
风气所趋，各省皆然，一家久讼，十家破产，一人沉冤，百人含痛，往往有纤小之案，累年不结，颠倒黑白，老死囹圄，令人闻之发指者。臣所谓民间之疾苦，此又其一也。
与此同时，很多案件积累起来不办，政事荒芜。例如，曾国藩接任直隶总督时，清理历年积累起来的案件，全省居然有13000多件没有办理。对这样的政府，老百姓还有什么指望呢！
军队腐败不堪入目。清朝国家军队，叫做经制兵，包括八旗、绿营，总数当有九十多万人，每年消耗饷银二千万两以上，但却是一群腐朽不堪一击的废物。军队贪污腐败成风，各级军官由地方督抚负责，买卖官员现象严重。军队管理散乱，吃空饷现象十分严重，上自提督、总兵，下至千总、把总、外委，层层吃空饷，官职越大空饷吃得越大；一般的士兵没有空饷吃就自己开实业做买卖，请人代为训练，临上战场，则请一些叫花子、流浪汉充数。军官无不吞饷肥私，花天酒地。许多武官夜间不到营房，外宿娼妓。军队中赌博、嫖娼比比皆是。更甚者，军队吃鸦片成风，军队意志完全丧失。城中栅栏朽坏、仓房倒塌，无人过问；子弹库被盗，也屡见不鲜；水师战船破损，维修费落入贪官腰包；炮兵则大炮生锈不可用；火药大量造假，掺杂沙石。一到打仗，拼凑部队，东一百西一千，“将不知兵，兵不用命”，见敌就逃，败不相救，胜利了则互相夺功。对敌不行，扰民则非常积极。曾国藩批评说：
盖近世之兵，孱怯极矣，而偏善妒功忌能，懦于御贼而勇于扰民，仁心以媚杀己之逆贼，而狠心以仇胜己之兵勇。其仇勇也，又更胜于仇兵。
这样的军队，根本没有什么用处。虽然数量众多，但只是空耗国家粮饷。1851年太平军在广西起义后，向荣、胜保率领的清朝经制兵一路尾追，从广西到湖南、到湖北、到江西、到安徽，最后到达江苏的南京，没有打过一次胜仗。太平军一路夺关斩将，所向披靡，全赖这支不堪一击的经制兵的腐朽。
对于清朝政治的这种黑暗、腐败现象，曾国藩是看得清清楚楚的。不仅看得清楚，而且积极思考革除弊政的措施。他的政治理想、早期的一些政治主张，以及担任两江总督、直隶总督后的一些治理措施，他治理湘军的方式方法与理念，莫不与其对当时现实的认识、思考有关。
