金温铁路建设耗资巨大，面临的困难多如牛毛，其中最关键的当然还是资金问题。最初的估算资金投入至少需要8亿人民币，后来提高到1·72亿美元，折算为人民币约15亿元。开工两年后，到1995年调高到21亿，最后结算时，尽管扣减了不少，还是达到29亿元，这绝不是一个小数目。原先合约上写明由中国银行担保向国外银行贷款，待南怀瑾运作获得摩根斯坦尼银行同意时，中国银行浙江省分行却说不能担保了。前面的一切努力成了竹篮打水一场空。俗话说，“巧妇难为无米之炊”，即便是天神下凡，没有资金，铁路也是没办法开工建设的。但问题并不仅仅如此，用南怀瑾先生的话说，“不只是资金（钱）的问题，而是怎样建立一个可行性的办法的问题。资金毕竟是人的智力所造成所聚集的。无钱固然难办事，但无办法聚财和运用财，有钱也等于无用”。
在南怀瑾先生看来，修建金温铁路的困难不仅仅是缺少资金。1991年11月8日，他在和温州市委书记孔祥有的谈话中提到，自己从美国回到香港3年多，同国内做了很多事，也做了一些投资。除了温州南氏医药科技奖励基金会每年奖励5~6万港币，是温州市领导支持算比较快，国内办事，没有一件是快的，使你头痛得不得了。换句话说，讲国内不能批评它没有制度，它有制度，但它那一套制度是不符合现代化的，不符合开放政策的社会。每一件事，签约也好，合资也好，你想做一件好事把钱汇进去，做好事都有困难。
事实的确如此。南怀瑾先生的一生曾经历了抗日战争和国内混战，以及新中国的成立后一个新政权的诞生与成长。忧国忧民是中国文人的共性，南怀瑾也不例外。他在《论语别裁》一书中这样写道：“历史上近数百年来，中国是处于最弱的时候，但时代在变，国运也在变，未来中国会有200年的机运，会比唐朝开国时还强盛，但事在人为，有机会如没有好好的抓住，也是发生不了作用的。”尽管前路困难重重，但南怀瑾深知，民之所需即是自己所行，他还是选择坚持“忍熬”前行。
因为能正视过去的问题，所以才能找到最为合适的解决之道。这也是金温铁路几度“难产”，终于在南怀瑾先生的坚持下成功建成的一个重要原因。南怀瑾先生说，真正的改革开放，经济开发，不是钱的问题。过去国家在政治的措施上，思想的领导上，以及其他很多方面，都弄了很多框框，把自己捆起来，捆得死死的。现在所谓改革开放、开发，就是把那些捆死自己的框框解放开来，使自己活起来，这是主要的精神。
