长期以来，黄自一直被认为是“学院派”的领袖人物。什么是“学院派”呢？这一称谓实际上是借用了美术上的术语，它最初“泛指通过学院严格训练、师生相传、层层因袭而具有一种保守性质的绘画”，究竟是何人何时将这一称谓应用到中国音乐界，现在已经很难说清楚了。这里的“学院派”是在20世纪30年代那个特殊的历史环境下，作为“救亡派”的对立面而提出的，带有贬义色彩，指的是以上海国立音专为代表的专业音乐院校里的音乐家们，这一内涵是确定无疑的。上海音专的校长虽然是萧友梅，黄自却因很受学生的爱戴和欢迎而被视为“学院派”的头号人物。九一八后，黄自等音乐院校的师生创作了《抗敌歌》等爱国歌曲，演唱技巧较为复杂，又多流行于音乐院校和专业演唱团体，故而被称为“学院派”。而聂耳、吕骥等人创作的《毕业歌》等歌曲深受群众的欢迎，则被称为“救亡派”。简而言之，“救亡派”是大众的，“学院派”是资产阶级的；“救亡派”是新兴音乐的倡导者，“学院派”是保守的古典音乐的象征；“救亡派”是抗日救亡的、通俗的，“学院派”则是抒情的、讲究技巧的。在20世纪三四十年代的那场争论中，面对“救亡派”毫不容情的批判，“学院派”很少做出回应，但一直被视为“学院派”代表的黄自却以自己的音乐创作活动和实践证明了“救亡派”说法的偏激和武断。
事实上，黄自的音乐是严肃的，但并不是高高在上的。利用西方的音乐来改造民族音乐一直是黄自的理想和追求，因而，黄自很重视音乐教育。1933年6月，他与同事应尚能、韦瀚章等受商务印书馆的委托合编了《复兴初级中学音乐教科书》（共6册），黄自负责全书的设计和编订，还撰写了欣赏部分的课文共72讲。全书69首歌曲中，属于他本人创作的就有28首。这部教材从1933年9月开始分册出版，至1936年，续印本达11版之多，成为当时风行一时的畅销书。1935年，黄自又约他的“四大弟子”准备编写小学唱歌教科书，并为此动手写了一批包括他本人作词的歌曲，因抗战爆发而未能出版。现存黄自手稿中，还有16首为这部教材写的儿童歌曲，其中只有《西风的话》和《牛》《养蚕》是公开发表过的。
黄自还“反对把音乐限制在音乐学院中为少数人所有”，很重视音乐的传播和普及。1929年12月，他回国才3个多月，就应刘海粟之邀，到上海美专去做了题为《音乐的欣赏》的长篇演讲，深入浅出，见解精辟。1932年“一·二八事变”后，黄自率领上海音专音乐艺文社一行赴杭州举行了“鼓舞敌忾后援音乐会”。据当时《中华日报》报道：演出时，“每曲均由黄自先生加以说明，使听众明了各曲之作者及结构，此举诚为中国音乐史中之一大贡献”。如黄自这样，以著名专家、堂堂教授之尊去充当“报幕员”的，不仅在当时是绝无仅有，即使今天恐怕也不多见。
