在杨仲子任国立音乐学院院长期间，有三个学生因从事抗日组织活动，被当时的中统局派人抓捕入狱。消息传来，杨仲子怒气填胸，从学校直奔教育局，厉声质问陈立夫：“我的学生在哪？”
陈立夫说：“这不关你的事，你不要管。”
杨仲子义正词严地说：“我是院长，我的学生被你们抓走了，我为什么不要管，为什么不能看？”
在教育部，杨仲子和陈立夫进行了激烈的争吵，并要求立即释放学生返回学校。陈立夫借故撤销了杨仲子国立音乐学院院长的职务，由自己来兼任，把他调回音乐教育委会任主任，这不过是个徒有虚名的空职。不久，又将杨仲子调入国立礼乐馆兼编纂职务。杨仲子说：“这下好了，把我弄到礼乐馆‘管’起来了！”
杨仲子还真被“管”起来了。他不得不离开自己所热爱的音乐教育界。一回到南京，他就收到南京戏剧专科学校发出的聘书，邀请他参与学校的建设。他提议在戏剧学校里创办一个乐剧学系（即相当于歌剧系），开创歌剧音乐教育。这一提议具有划时代意义，但由于客观上的种种困难，他的计划未能实现。虽然未能如愿，却表露出了一个音乐教育家忠诚于音乐教育事业始终不渝的进取和追求。没想到这竟然是他在音乐教育生涯中的最后一次奋起。
南京解放后，杨仲子满怀喜悦地投向了新中国的怀抱。为中国现代音乐教育事业操劳大半辈子的他，壮心不已，希望能重拾音乐之教鞭。但这时的他已经是年逾花甲、体弱多病。党和政府出于对其身体考虑，并根据他的特长，安排他在江苏省文史研究馆进行力所能及的文史工作。虽改行做文史工作，他的内心对音乐的挚爱没有减退，密切关注我国音乐教育事业的发展。为中国近代音乐教育事业操心一辈子的杨仲子，晚年却无法为自己的音乐梦想继续贡献力量，这大概是他这一生最大的遗憾。一个忠于中华民族的艺术家就这样怀着惋惜之情走向了生命的尽头。
参考书目
赵后起：《杨仲子传略》
粟子（杨仲子第三子）：《东方音乐之奇星——记音乐教育家杨仲子》
