当大家都认为王云五事业风生水起、人生得意的时候，他却有了新想法。1929年9月，王云五辞去商务印书馆编译所所长一职，担任国民政府中央研究院研究员兼法制组主任。
王云五离开商务主要有两个原因。人们说婚姻有“七年之痒”，其实职业发展也是一样。从王云五正式担任商务的编译所所长算起，到1929年的时候，正好七年了，这在他已经是最长的履历，但王云五尚未看到升迁的希望，于是决意离去，这是一个原因。另一个原因还在于他的为人。
王云五的功利思想严重，只要是他在商务印书馆编撰的图书，都要抽取版税，而按照规定，内部工作人员编书是不付稿酬或版税的。王云五不仅拿钱，还最爱署“王云五主编”，这在知识分子成堆的地方，自然会引来诸多议论。偏偏王云五非常看重名声，虽然他认为自己编书拿钱天经地义，却架不住被众人诟病。正在此时，南京国民政府中央研究院刚刚成立，主持工作的傅斯年四处网罗人才，王云五看这个机会也不错，便决意离开商务前往南京，去了半年时间，他就出版了一本著作《中国古代教育思潮》。
只是研究员也就做了半年，戏剧性的一幕拉开了。
1930年2月，商务印书馆总经理鲍咸昌突然去世，张元济此时已是六旬老人，无意就任总经理，一时间竟然找不到合适的人选，董事会经过讨论，最后决定请王云五回来做总经理。这里应该说说张元济的用人之道。王云五在商务印书馆的时候，张元济一直力挺他，王爱署名、爱抽版税的做法张元济是看在眼里的，他对此也很有意见，但是作为一个宽厚仁慈的长者，张元济同时看到了王云五的才干，王进入商务几年做事的魄力和成效确非一般员工所能及。
总经理的职务虽然诱人，但是精明的王云五非常明白，这个时候接这个岗位可没那么好干。首先商务印书馆的人事关系复杂，工作10年以上的老人众多；其次商务印书馆工潮不断，工会力量强大，王云五做编译所所长的时候就经常出面处理各种纠纷。所以他明白，无论是商务的上层还是底层，都有一堆麻烦事，不好应付。可是张元济、高梦旦等人又一再邀请，王云五思前想后，决定接下这个职务。
不过他提了两个条件。一是取消此前的总务处合议制，改由总经理独任制；二是接任后马上出国考察并研究科学管理，为期半年。
王云五非常清楚，与前几任总经理相比，他的资历和声望都难以望其项背，如果沿用合议制，他的很多想法就无法推行，独任制说白了就是总经理说了算；至于出国考察，则是希望看看国外是怎么进行现代企业管理、提高工作效率的，当然还有一点，是了解国外怎样解决劳资纠纷。
商务印书馆作为一家采用资本主义方式进行管理的企业，实事求是地讲，在员工福利方面采取了不少措施，比如花红制度、退俸金制度等，考虑比较周全。职工收入在上海的文化企业中算偏高的，但是在当时工人运动迭起的时代浪潮里，商务的劳资纠纷经常发生，工人罢工也此起彼伏，这就让商务的领导人备受困扰。张元济一介书生，不擅处理这些事，一般力求和平解决，不愿扩大矛盾。王云五因为既干练又圆通，所以在编译所所长任上经常被抬出来面对劳资纠纷，虽然每次都能获得暂时解决，但老是如此，自然令他身心疲惫。于是，看看国外怎么处理这种问题，也是他迫切的需求。
的确，没有这两个条件，要管理商务印书馆这样的机构如同一句空话。王云五的精明在此可见一斑。董事会答应了他的这两个条件，1930年3月初，王云五被任命为新任总经理。
