这一时期，王云五的创新劲头十足，他不但发明了检字法，还创制了中外图书统一分类法。中文古籍图书一般按照经史子集的类别来分，可是随着现代图书的增多，这种分类方式无疑已经落伍。现代图书和西文书是按照西方图书馆学建立的学科分类的，其中以杜威分类法应用最广。王云五提出西文书就直接用杜威分类法，中文图书则做个“中西结合”，他发明了三个中文符号，在杜威分类法后辅助使用，大大方便了读者检索。
作为一个头脑清晰的文化经营者，在推出这两项发明后，王云五意识到，该做一件大手笔的事情了。
王云五到商务印书馆后，对出书作过三个战略调整：一是由以旧学为主，转为以新知为主，大大增加译著、自然科学的著作；二是由小教育（中小学校教科书）向大教育（各级学校教育和非学校教育）转移；三是猛增出版物数量，以普及知识、扩大市场、战胜对手。在此期间，王云五也继承了商务的传统，对教科书、工具书的出版不放松，同时每年都组织专家出版各种丛书。
在经营的过程中，王云五发现全国各地对建设公共图书馆颇为热心，但是可供图书馆选购的图书有限，而且价格也较高。联想到商务每年都出的丰富多样的丛书，还有自己的两项发明，王云五决定出版一套文库，既可以解决各地图书馆“缺粮食”的问题，又能让商务赚到钱，两全其美。
这个整合各种丛书进行分类精选的工程非常庞大，相当于建了一座小型图书馆。这个工程原计划以“千种丛书”做名字，到出版时王云五命名为《万有文库》，由此可见他的思路和雄心。
王云五在《〈万有文库〉第一集印行缘起》中写道：
本文库之目的，一方在以整个的普通图书馆用书贡献于社会，一方则采用最经济与实用之排印方法，俾前此一二千元所不能致之图书，今可三四百元致之。更按拙作中外图书统一分类法，刊类号于书脊；每种复附书名片，依拙作四角号码检字法注明号码，故由本文库而成立之小图书馆，只须以认识号码之一人管理之，已觉措置裕如，其节省管理之费不下十之七八。
《万有文库》本来规划10年内出3集，共5000种图书。自1929年起，第一集陆续出版，工业、商业、农业、国学、算学、医学等丛书纷纷面世，到1931年出齐。后来因为“一?二八”事变，商务印书馆遭到重创，出版计划稍有停顿。从1935年开始，第二集又逐渐问世。两集的总字数惊人，超过3亿字。
由于战争的原因，第三集没能如愿出版，不过即使是出了两集，已经创造了出版界的一个奇迹。《万有文库》成为当时各地图书馆的馆藏，商务印书馆因为这一出版项目更是远近闻名。
对于王云五来说，《万有文库》让商务既赚到钱，又赚到名。更重要的是，他本人的商业才干展现无遗。善于抓住市场商机固然是高手，而他能够发掘潜在市场，让市场呼应他的想法，这才真是高明之处。
因为《万有文库》是王云五进入商务印书馆后的第一个大手笔，所以他对这套书是极为看重的。20世纪60年代他出任台湾商务印书馆董事长后，第一个大出版项目就是《万有文库荟要》，1977年他又重印《万有文库》。
