1916年到1920年间，张元济忙于图书的出版经营和管理工作，可谓心无旁骛。然而，他所服务的图书作者都是思想文化界人士，他们的思想正处于一个活跃期，商务印书馆在这个大背景下，求变还是墨守成规？
这个问题让张元济陷入思考。虽然张元济不能算革命派或激进派，但也并不守旧。从他之前对社会活动的参与就可以知道，他仍然希望通过维新的手段促进国家的发展。只是，他更倾向于以一种温和的、改良的方式推动国家进步，而不是进行翻天覆地的大革命。但在民国初年，这样的想法不合时宜，人们对于革命更向往。
1918年6月，为了京馆购地、津馆营业等事情，张元济从上海来到北京。这次在京，张元济除了中途短暂回了一次上海，足足停留了两个月。他会见了诸多的新老朋友，包括蔡元培、陈独秀、胡适、沈钧儒、沈尹默、王宠惠、孙宝琦、章士钊、严复等，这其中既有新派人物，也有多位在北洋政府当过大官的守旧派。
在北京大学，张元济听取了陈独秀、胡适等人关于商务教科书改定的意见，同时表示愿意出版通俗教育类的书籍。不久后，商务就推出了《北京大学丛书》。张元济还接受沈尹默关于教科书改白话文的建议，从1919年起出版《新体国语教科书》，这是国内第一本白话文教科书。可见张元济并不属于故步自封的保守派。
当然，因为是旧文人，张元济对古籍的兴趣从来没有减弱。他在北京和老派学者辜鸿铭还有接触，虽然知道辜是个争议性人物，但因为其学问，张元济仍然打算出版他的文集。可以说在张元济这里，海纳百川、兼容并包，新派老派都可以接受，只要对社会有利。
五四运动的爆发，给整个中国带来极大震动。张元济在这场运动中的反应很快，他和馆内的老朋友高梦旦商量后，决定对商务印书馆的多个刊物进行改组，起用新主编。商务当时颇有名气的刊物有《小说月报》、《东方杂志》、《妇女杂志》等，这几个杂志全部让有新潮思想的人来主持。其中《小说月报》的影响最广最大，张元济、高梦旦与郑振铎商量后，选定沈雁冰（茅盾）改组《小说月报》。茅盾日后回忆说：“后来我才知道，张菊生（张元济）和高梦旦十一月初旬到过北京，就和郑振铎他们见过面，郑要求商务出版一个文学杂志，而由他们主编（如《学艺杂志》），张、高不愿出版新杂志，但表示可以改组《小说月报》，于是郑等就转而主张先成立一个文学会，然后再办刊物。张、高回上海后即选定我改组《小说月报》。”这本杂志改版后，很受读者欢迎，销量持续增长。
尽管张元济努力跟上形势，但无论如何，他不是个爱显露锋芒的人。1920年年初，商务印书馆就遭到孙中山的抨击。当时《孙文学说》的书稿送到商务，却遭到退稿，孙中山十分气愤，发表了一封公开信，说商务不但在行业内把持垄断地位，而且所出的书籍都带有保皇党的气味，对于新思想的著作都不愿意出版。后来张元济解释说：“当时不肯承印，实因官吏专制太甚，商人不敢与抗，并非反对孙君。”后来，《孙文学说》及《独秀文存》、《胡适文存》都由一家新出版社——亚东图书馆出版。
