1994年，交通部给国家计委去函提出长洲枢纽双线船闸尺度均应按185米×23米×3.5米设计建设，才能确保不会形成瓶颈。2002年水电水利规划设计总院通过了新设计的可行性研究，双线船闸尺度均为185米×23米×3.5米，船闸年货物通过能力为2400万吨。
有道是，“计划没有变化快”。
20世纪末期以来，随着桂平与贵港两个航运枢纽的相继建成，航道等级大幅提升，相对于铁路运力的日趋紧张和公路运输成本的不断加大，西江航运已有长足发展，与以往相比实在不可同日而语，且后劲十足。
就在长洲水利枢纽工程破土动工前夕，统计数据表明，通过该航段的船舶数量已经达到平均每天300多艘，年通过量已突破2000万吨。
如果仍按原来的标准来建设，那就意味着，船闸建成之日，就是饱和之时。
2003年年底，长洲水利枢纽工程已启动建设，但有关船闸的规模争论仍在持续。越来越多的专家形成了这样的共识：随着广西西江流域经济的迅速发展，特别是贵港水运业的异军突起，通过长洲枢纽航段的船舶运力和货运量正与日俱增，原有的船闸设计，既不适应新的航道等级标准，也不符合未来港航事业发展的新形势要求，因此，长洲水利枢纽的船闸扩容，势在必行。
2004年11月12日，自治区发改委会同交通厅、建设厅、广西长洲水电开发有限责任公司等部门在梧州召开工作协调会，提出长洲枢纽船闸必须扩大建设规模。11月下旬，全国政协组织的“内河航运资源保护、开发和利用”视察团现场视察了建设中的长洲枢纽，交通部徐祖远副部长在交换意见时表示，支持长洲枢纽船闸扩能建设，并请有关部门抓紧开展技术论证工作。
同年12月2日，自治区政府杨道喜副主席主持召开了长洲水利枢纽工程建设协调会，明确原来按双线1000吨级设计的船闸要进行修改，其中一线（1号船闸）从1000吨级扩大为2000吨级，二线（2号船闸）不变，同时要预留第三线船闸且按3000吨级的标准设计。
船闸扩容方案最终由自治区政府确定后，2005年9月12日，项目业主单位长洲水电公司给广西电力设计院去函正式明确长洲1号船闸按2000吨级设计建设，船闸尺度为200米×34米×4.5米，双线船闸单向年货物通过能力为4012万吨。
按200米×34米×4.5米的规格建造，1号船闸的规模将是当时全国已建第三，与长江三峡2000吨级船闸的闸室同宽。
与此同时，设计单位广西电力设计院的工程师们加班加点进行扩图施工设计，仅用两个月时间即开始陆续出图。1号船闸设备的修改订货等工作，也在有条不紊地进行当中。
2005年11月底，停工待图的双线船闸相关部位恢复施工。
2007年2月5日，长洲枢纽中江截流断航。
26天后，3月3日13时，枢纽2号船闸正式投入运行。
此时，一天通过该段航道的船舶已有320艘之多。就由于这1号船闸的中途修改规划、重新设计，导致建设时间延后，不能与2号船闸同步运行，于是，待闸的船舶渐渐地排起了绵延数公里的长龙。
长洲第一次大滞航开始了——
坝上坝下，眼望过去，大小船只黑压压一片。至4月22日，滞航船舶达到1500多艘的峰值！
按平均每艘船上有6人计算，滞留船员近万名！
长洲告急！西江告急！
长洲大滞航，是西江航运史上破天荒的事情。
整条江的上空，都弥漫着一种凝重、焦躁的气氛。
自盘古开天地以来，这条滚滚东流、不舍昼夜的大江，何曾有过如此的状况？在过去，尽管船只小，但哪怕是遇上枯水期，有船搁浅堵塞了航道，只要等水位稍微一涨，大家最多一两个小时就可一起疏散通过。现在船闸建好了，每小时开闭一闸次，2号船闸每次只能过十条八条船，有时，碰到运危险品的船，还须单独过闸，这样一天下来，能过的数量非常有限。滞航期间，还不断有船只驶来，就算你船闸设施再好、运行效率再高，要短时间内疏通，谈何容易？
