他的图书室本身是怎样的呢？卡西尔把它比喻为“普洛斯贝罗的堡垒”，站在其中是什么感觉呢？多数的图书室都给人一个有条有理的印象，或按主题，或按数字或字母来组织图书。瓦尔堡的图书室没有这一类的系统。当我访问在汉堡重建的瓦尔堡图书室的时候，原来的图书只剩下一小部分了。我巡视椭圆形阅览室的环状书架，心中只感到困惑。仿佛我到了一个外国城市，所有的标记牌肯定都有某种含义，但我却完全不懂。各个书架上一连串的书名，不是按有始有终的直线系统来安排。我虽然能够找到理由来解释为什么某两个书名会安排在一起，但这些理由变来变去，有时十分勉强，和传统的系列（例如数字系统或字母系统）毫不相关。瓦尔堡的系统好像作诗一样。当我们念一行诗：“文字的铃声明又亮”，我们立刻就能完全领会诗人的含意。我们不需要别人来解释，诗句本身的文字和韵律就带来了理解。但是如果诗人把他难以说清的直觉中产生的一切岔道和绕路统统摆在我们面前，如果他把所有的线索和连结点都指给我们看，我们反而不能像开始那样理解了。瓦尔堡的图书室也是如此。
瓦尔堡就不会把所有的联系隐藏起来，而且还要显示其不断变化，因此，他的图书室不受任何角度的限制，是个可以不停运转的空间。在某个意义上，他的图书室显露出他思想的每一根裸露的神经，使他的思想有足够空间纵横驰骋。如果说，多数图书馆好像昆虫学家钉在展览柜里加上说明标签的死标本，那么瓦尔堡让来访者看到的便是一个活蚁穴，被小孩用玻璃围起来供人观察。
1914年春天，在同行的压力之下，瓦尔堡决定把他的图书室向所有学者和科学研究工作开放，而且建立了一种制度来资助外地学生到汉堡来做研究。十四年前他就向弟弟马克斯谨慎地提到这个想法，现在又回到这个庞大的计划，并与萨克斯尔讨论其实施的可能性。他这样做本来是很不情愿的，因为他承认自己不乐意失去辛苦创建起来的个人智力活动空间。然而，他也认识到，开放图书室是必需走的一步，既然他要探究人类复杂的象征性遗产，探究“古代世界的来生”，那就只能这样做。
然而第一次世界大战使他的计划暂时停止了。瓦尔堡从幼年就患上了交替性的焦虑症和忧郁症，在一切陷于混乱荒芫的时代，他的精神状态与整个世界的局势都失去控制，脱离了正轨。“此刻，他敏感的神经已经像地震仪那样记录了地下的震动，而其他人却完全没有听见，”一位同时代的人这样说。瓦尔堡本来想研究人类非理性冲动与恐惧的早期象征性艺术和后来的艺术之间有什么联系，现在他自己的精神世界便反映了这种紧张状态。他本来相信科学可以纪录人类恐惧反应的各种变态，从而为原初的恐惧情绪提供理性的解释，现在他却看到科学制造了芥子毒气和杀人战壕，成了先进的战争工具和最新式的祭坛。
