在让内的生涯中，至少有三次面临了强大的抵制与无情的攻击。第一次是夏科过世后，我们曾在本书的其他部分谈过当时对夏科的歇斯底里与催眠理论学说所发起的强烈批判。虽然让内小心翼翼地避免去附和那没有根据的金属疗法与症状传递的玄想性假说。但他还是认同了夏科的理论，因为他是唯一在萨尔贝蒂耶中仍持续运用催眠治疗，并相信歇斯底里绝不是佯装的人。对夏科的反对，更进一步促进了僵化的器质性论以及反心理学的浪潮在法国神经学界中兴起。比如，巴宾斯基和迪杰林等人更是对让内表现出公然的敌意，最终并试图去限制其在萨尔贝蒂耶的影响力。让内因为坚持催眠与暗示是截然不同的两种表现，而受到南锡学派同样无情的攻击。
第二波反让内的浪潮，出现在他出版《从剧痛到狂喜》一书之后，由一些天主教神学家与一般大众所发起。但是，最严苛的攻击要算是精神分析家了。虽然弗洛伊德大致认同让内在1893年至1895年间的早期研究结果，但后来对让内的批评日渐兴起。1913年，让内在伦敦的大会上关于精神分析的报告中，宣称自己是无意识固着意念与宣泄治疗法的发现者，成为一些精神分析师猛烈抨击的导火线。琼斯公开指控让内不诚实，认为那是弗洛伊德的发现，完全与让内没有任何关系。1945年，法国精神分析师梅德琳·卡菲（Madeleine Cave），指控让内剽窃布洛伊尔与弗洛伊德在1893年出版的论文，但是，这和事情发生的先后顺序显然不符。她认为让内在1889年发表“玛丽”这一个案时，并不了解病人为什么会痊愈。但是，在布洛伊尔与弗洛伊德1893年的论文出版后，他有所了解，并急着运用这种治疗及发表其他个案，并指称布洛伊尔与弗洛伊德是他的模仿者。这位已年届86岁的老人可能并不知道有这样的攻击，因而没有做出响应。但是这样的攻击，造成年轻一代的精神分析家普遍地对他怀有一定的敌意。
造成让内声誉下挫的其他原因，恐怕要归咎于他的个性。他总是严格地保持着独立；他不曾有过导师，即使连夏科或希波也算不上。他也不曾隶属于哪一个群体或是团队。他没有门徒也没有自身的学派，任何形式的变节更是绝对不会出现在他身上。为了找到学生，让内需要在索邦教授心理学，或是在他可以对医学生进行临床教学的萨尔贝蒂耶维持一个病房。然而，他两者皆无。他的教学活动仅限于法兰西学院，而那里是独立于任何大学之上的更高学府，因此会前去的多半是专家、国外的访客或者是受过教育的民众，而不是学生。让内有一小部分听众相当热衷于他的学说，并且尝试加以推广发展。其中包括了出版让内宗教心理学讲义精简版的霍顿牧师、以西班牙文推广让内的倾向阶层结构理论的智利籍医师班雅明·苏伯卡索（Benjamin Subercaseaux），还有巴赛尔的舒瓦兹医师。他关于让内心理学的遗著，虽然得以出版，但不幸并未完成。
