虽然总理衙门的辩论非常有力，可是已经在不知不觉中入了日本的圈套。倒是琉球非常担心自己的地位不保。此前虽然日本要求琉球协助日本远征台湾，但琉球不仅拒绝了协助行动，反而背着日本派出朝贡使节到福州向中国再次表明属国身份。并以琉球国王的名义，向闽浙总督致谢，感谢大清国对琉球难民的救助，还特意送来三百两谢银转送台湾府官吏。可惜，大清国忙于就军费赔偿与番民主权归属问题和日本争论，反而没有好好利用琉球送上门的证据。
在这个不断辩难下，日本做出了一个所谓的“让步”，承认中国对番民地区拥有主权，但要求中国对之赔偿军费。这就导致了双方外交谈判的破裂。
但是，破裂的外交谈判很快就又恢复了。因为大久保得到了一个重要的救星。
这个救星就是英国驻清公使威妥玛。他决定帮日本解困，以维持远东均势。当大久保与清廷七次谈判不果，明言回国，暗中求救于威妥玛时，威氏亲自出马斡旋，最终使双方达成协议。1874年10月31日（九月二十二日），总理衙门与大久保签订了关于日本入侵台湾事件善后事宜的《中日北京专条》。该约规定：
一、日本此次出兵是保民义举，中国无可非议；
二、中国赔银50万两，其中10万两为难民家属的抚恤金，40万两为日军留台设施的补偿金；
三、中国台湾蕃民妥为约束，以期永保旅客安全。
这里的“抚恤”系针对柳原在和毛、董两大臣争论时，所诡称的遇害之日本人而发。既是对日本的绥靖，也是大清国下台的阶梯。不料却正为日本人所利用，使日本日后有借口宣称：大清国已经承认琉球人就是日本人！而大清国的收获，不过是少出了些银子，得到了日本对台湾主权的所谓承认！而日本的预设战略伏笔的行动还在紧锣密鼓地继续进行中。
谈判结束回国之际，大久保“顺道”去了趟台湾，在琅峤立了一个“大日本琉球民五十四名之墓”。这个墓碑不同寻常，有三大潜在含义：
一、为琉球问题张本。背面的碑文开篇即说“明治四年我冲绳旧藩民漂到台湾遇害者五十四名，越三年，朝廷诏海陆诸军征问其罪……”这就等于明言琉球是日本的一部分，而与大清国无关。
二、日后可以扫墓为名，前来进行军事侦察活动。
三、不动声色地纪念了这次征台行动。
据廖庆洲先生的《日本过台湾》一书中记载，直到20世纪80年代，居然还有日本人“前来扫墓，而引起本地的骚动”。足见大久保的机谋深远了。
但是，这些都是日本外交家深谋远虑的后话了。回望大清京师，却正是一片热闹景象。“万寿排日筵宴恬嬉歌舞，皆幸倭事速了，意乃不以为耻辱。”——这是李鸿章在家信中的愤慨。在李鸿章的愤懑中，大久保凯旋了，后者接受了万民的欢呼，也接受了天皇的召见和嘉奖。日本老百姓为此还进行了庆祝游行。可是，究竟是否凯旋，关起门来，日本人自己最清楚。这次行动，日本出兵3658人，死573人（其中阵亡仅12人，余者为病故）。共计耗费955万元（含办理大臣派遣费），其中购置兵器和购买船只是593.2万元。纯战费为770多万元，远远超过从道事先估计的50万元。要知道，明治五年日本陆军的总经费才800万元，海军经费仅50万元！而最终侥幸从大清国诓来的那所谓银50万两抚恤金，仅相当于日本此次征台费用的十分之一。
如果这也可以称作胜利的话，日本早晚在此等胜利中，一步步走向财政死亡。
反之，日本没占到便宜，却不等于大清国就胜利了。李鸿章是第一个看出《中日北京专条》中致命问题的大清国官员。他在正式签约前两天的九月二十日（10月29日）写给沈葆桢的信中明确指出其致命之处有二：其一，“蕃所害者琉球人，非日本人”；其二，“以抚恤代兵费，未免稍损国体，渐长寇志。”但是，李鸿章也终究只能在私函里发发牢骚罢了。
