按照以往的观点，大多认为清廷各级官员在这次台湾问题上人浮于事，是造成被动的根本原因。可是，根据近数十年来史学界的新研究成果而论，这个说法实在很难站得住脚。
此时的大清国刚经历了长期的内战，各地督抚多是经历过实战历练的干练大员，应对外事的能力与眼界也早非两次鸦片战争时期的同辈官员可比。但是，两个缺陷限制了他们的个人能力发挥。第一个限制在于大清国糟糕的军政体制，第二个限制在于落后的交通、通讯手段，后者主要体现为铁路与电报的匮乏。
就在桦山在打狗地区搜集情报的3月24日（二月初七），水野遵与一名仆从由旂后港到枋寮，目的是前往琅峤进行地形勘测与军情侦查。因大风等船而耽误两天。27日（二月初十）他们乘小舟抵达琅峤，观察地形并绘图。水野一行自旂后港出发之时就引起清廷地方官的注意。3月30日（二月十三日），枋寮巡检王懋功与千总郭占鳌将这一行人的详细行踪上报凤山县。署凤山县令李煐于4月5日（二月十九日）上禀台湾的最高行政长官台湾道夏献纶，夏又将这个情报上报福州将军文煜与闽浙总督李鹤年。
也就在此时，发生了第一次信息大延误。由于当时两岸没有铺设电报线路，所以信使只能乘轮船前往福州，而当时两地的轮船是由固定班期的，由于等船，信使直到4月11日（二月二十五日）才离开台湾，文、李收到消息则已是4月12日（二月二十六日）。此时也正是日本因为外交纠纷而犹豫不决的当口。可惜大清国未能进一步搜集到有价值的情报，反而是驻华外国使节与洋员控制的海关税务司，因为有“铜线”（电报）传递海外消息，反而比大清国先得到了确切情报。
4月15日（二月二十九日），夏献纶通过台湾税务司得到惊人消息，5000日军搭乘5艘轮船即将前来台湾南部登陆。夏立即将这一消息上报。不过，他的这个情报传递得实在够慢。总理衙门在看到夏的报告前，反而先接到了洋人的预警。
4月18日（三月初三），英国驻华使馆翻译官梅辉立前往总署，询问了一些相关问题，并发出了最早的预警。第二天，英国驻华公使威妥玛发出公函，正式提醒清廷注意日本即将对台湾展开的行动，并询问清廷的立场。这份公函发出的第二天，总税务司赫德根据广东税务司的情报也跑来总署告警，到4月22日（三月初七），由于收到了厦门税务司送来的同样情报，赫德第二次到总署告警。而此时日方正因意见分歧陷入瘫痪状态，要再过10天西乡才违令派出先头部队，而距日军最终登陆台湾则尚有17天的时间，距日军展开对番社的进攻则还有31天的时间。这是历史留给大清国的反应时间差，如果从第一次接到梅辉立的预警开始，历史一共给了大清国21天的时间阻止日军登陆，35天的时间阻止日军对番社展开进攻。以当时清政府的交通通讯手段，在21天内阻止日军登陆虽然困难但并非完全没有可能，而在35天内采取有效的外交、军事反制行动，遏制住日军在台湾的军事行动，则是完全有可能做到的。
可惜，所有这些预警都没得到应有的重视。
