来到乌鲁木齐，他写道：“在北路为第一富庶之区，廛舍稠密，炊烟四起，沙山林树，一望苍茫，形势扼要，一大都会也。”
他沿天山北麓西行，记载石河子的蚊子是“种类滋繁，白昼嘬人，挥之不去，头目欲肿，始知蚊雷露筋之虐”。当时的奎屯则是“树木最多，于无数柳林中渡奎墩，河阔有十数道，水亦深”。
他描绘风景如画的赛里木湖：“青蓝深浅层出，波平似镜，天光山色，倒映其中。倏忽万变，莫可名状。时有鸳鸯白雁往来游泳，如海鸥无心，见人不畏，极可观也。”沿湖驻防的察哈尔蒙古兵“列帐而居，错落棋布，牛羊牲畜，烂漫若锦。睹此境界，有海阔天空之想。”
祁韵士到了喀什河谷的围场，赞叹不已，留下脍炙人口的诗句：
肄武疆场重合围，
角弓风劲令旗辉。
三千组练如云锦，
远向狼山射猎归。
因为唐朝曾在伊犁以西设置过潆池都护府，所以，祁韵士就将他的流放诗集命名为《濛池行稿》。
祁韵士遣戍伊犁期间，适逢当时担任新疆最高军政长官的是伊犁将军松筠。这位蒙古族的封疆大吏，嘉庆年间官至英武殿大学士，曾任军机大臣、兵部尚书、礼部尚书。此人廉直坦易，尤其尽力施惠于贫民，名满海内，他治边的功绩最多。他虽然是个武官，但是在职期内，能够重视边疆的文化事业，积极支持边疆史志的编纂。他欣赏祁韵士的学识与才华，也同情其遭遇。为了照顾祁韵士，松筠就将他“派充印房章京”。总统将军公署印房的工作比较轻松，松筠任伊犁将军的时候，对发配到伊犁的人，松筠往往把这些人放在印房行走数年，然后松筠就为他们说好话，称他们知悔改，肯出力，有建树，代他们奏请皇上，其中大多都能得到赦免。
松筠给了祁韵士一个宽松安宁的写作与治学环境，使他能够考察、寻访、阅遍有关史地资料，亲历伊犁山山水水，身感异乡民情风俗，从而编写出一系列有关西北史地的著作。在几年的遣戍生活中，祁韵士专心研究西域史地，完成《西陲总统事略》十二卷，这是研究乾嘉时期新疆，特别是伊犁地区历史、地理、政治、经济的一部重要志书。
祁韵士同时自己又完成《西陲要略》四卷和《西域释地》一卷，还有《西陲竹枝词》一百首，吟咏新疆十六城及鸟兽虫鱼、草木果蔬、服食器用、边防部落等。他还作《绳伎》吟咏维吾尔族的达瓦孜（高空走绳）：
寻橦度索巧无双，
传自花门远部降。
孑孑孓孓多少态，
熟能矫捷力能扛。
祁韵士不仅著述，而且育人。在惠远期间，他将自己用心血积累起来的知识传授给不少年轻人，其中包括满族、蒙古族等少数民族青年。
3年后，祁韵士遣戍期满，回到内地，他在兰州的兰山书院和保定的莲池书院继续为培养年轻人而呕心沥血，可谓我国史地学界的一代宗师。
祁韵士治学严谨，主张“信今而证古”，不作“无益之书”。他著西北史地之书，是为了表现“山川城堡的雄阔，风土物产之瑰奇”，从而激发人们对祖国西北边疆的热爱之情。
祁韵士的学术成就不仅在国内有深远意义，而且在国际上也产生了一定影响。日本文学家内藤虎次郎曾评价《藩部要略》“质实、正确，事实上超过魏源的《圣武记》、赵翼的《皇朝武功记盛》、《东华录》和《平定溯湖方略》等书”。沙俄汉学的奠基人比楚林最早把祁韵士的《西陲要略》翻译成俄文。
作为一种刑罚制度，流放在清代很是普遍，流放对于文人及其家庭而言，是天大的不幸和灾难，但是对于他们的流放地——伊犁而言，又是大幸，或者说是万幸。他们或是兴修水利、传播先进农耕技术，或是著书立说，教育当地人子弟，播下文明的种子，造福千万人。他们将伊犁的人文地理考察结果整理成文字，现今成为地域文化研究专家的至爱。他们的著作具有极高的历史学、地理学、物产学等方面的学术价值，足以永垂史册，祁韵士就位列其中！
