东晋僧人多，这就造成了社会矛盾。林子大了，什么鸟都有。很多人为了逃役而落发，也有把寺庙当做避风港，犯了罪逃去的。还有少数不法僧人破戒，破坏出家人形象的。不一而足。
桓玄下山后，就在考虑佛教泛滥的问题。他是从政的，从政治角度考虑，要沙汰僧人。另外也是想树威，为自己登台做准备。
这也是自佛教传来后，中国捏着权柄的人首次提出整顿沙汰僧人，所以影响大。
他和僚属们讨论说：一县有数千人出家，这样下去，既阻碍了社会发展，污染了民风民俗，又败坏了佛教形象。他提出了沙汰沙门的原则和办法：能说经者、经常修习练功者、不和流俗一道者，这些人不在沙汰之列。但是“唯庐山道德所居，不在搜简之例”。桓玄对慧远还是尊重的。
消息传到山上，慧远神态严肃了。虽说庐山不在搜简范围，但他生怕当权者以沙汰为借口，打击沙门。再说佛教界的问题确实也严重，佛门的堕落也对佛教发展不利。他修书给桓玄，提出自己的看法，对不该沙汰的又增加了几项。比如修建寺塔、造佛像、供奉舍利者等。据说这次整顿，慧远保护了不少僧人。其实这样做，对佛教界也有好处。有些平日不好下手的，也可以借政界下手。
慧远让人将信送出后，立马着手对庐山内部的僧尼进行整顿，拟定了若干节度僧尼的规定，并为之作序推行，如：《法社节度序》、《外寺僧节度序》等。
这天，弟弟慧持来告辞，说要到成都一带传扬教化，峨眉山水好，也好弘教。慧远有些不舍，慧持也很悲伤，但还是坚持要走。
后来慧持到了成都，和当地刺史交好。有一年，蜀郡内乱，慧持避乱到郸县。有个叫道福的，很凶残，带兵来到郸县，到处杀人。道福来到寺中，众僧人很害怕，纷纷逃跑了。慧持在房中盥洗，神色安详。道福来到慧持身边，慧持弹指洒水，淡然自若，道福愧悔而汗流满面，灰溜溜地走了。出了寺门之后，道福对手下人说：“道德高尚的人就是与众人不—样。”公元412年，慧持卒于成都龙渊寺中，终年76岁。消息传到庐山，慧远自是悲痛不已。
