远则事无结束，近则机有转圜，奋身独任其艰难，未始不可挽救全局。南洋大臣谓：军营中常于营官中拔一人为统领，正名定分，何各不相下。然商务宜联以情，非如营物可绳以法，等而齐之，则名不正者事不成，驾而上之，则心不降者气不协。故中立不可，进更不可。
盛宣怀与唐廷枢、徐润到了“各不相下”的程度：“等而齐之”，“则名不正事不成”；“正名定分”地擢盛宣怀为督办以“驾而之上”，唐、徐必不能“心降”“气协”的。因此，盛宣怀坚请督办，就是去唐、徐而任他自己为督办。
正当盛宣怀上下活动的时候，却有董俊翰、王先谦等人弹劾他营私舞弊，说他在收购旗昌时私拿回扣，构成贪污，一时舆论大哗。李鸿章只得派人查办。
李鸿章深知，办洋务不是件容易的事，万事开头难，在农业国家里办工业，处在弱国地位办外交，在封建末世图振兴，处处得跟洋人斗，非凡夫俗子所能为。水至清则无鱼，要把洋务诸端早早搞上去，就得不拘一格降人才。为此，他必须保住盛宣怀。
不久，招商局总办唐廷枢出来为盛宣怀辩污，说他在船局从未领过分文薪水，收购旗昌一事只是主其议，而领款付款，皆未经手，此“因公而未因私，不言可知”，巧妙地回避了盛氏究竟有没有拿回扣的实质问题。唐廷枢知道，如果盛宣怀出了事，作为总办的他也难辞其咎。为了招商局的声誉和长远利益，他摒弃前嫌，出来申诉。
而李鸿章在接到查案报告后，也向清廷上奏担保：“前派会办招商局，证明不经手银钱，不支领薪水，嗣以屡次代人受过，坚辞会办。臣严密考察，该道（指盛宣怀）勤明干练，讲求吏治，熟悉洋情，正直有年，于赈务河工诸要端，无不认真筹办，洵属有用之才，未敢稍涉回护。”好话说了一箩筐，然而也回避了到底他有没有拿回扣这个实质性问题。
李鸿章出来担保，案子自然也就不了了之了。然而盛宣怀却因此而自觉兴味索然，坚辞会办，老子不干了，谁也留不住。李鸿章只得准许。
1882年，盛宣怀十分凄凉地离开了他精心创办又为之奋斗了10年的轮船招商局。但这不过是以退为进罢了，他心中并没有真正放弃轮船招商局。有李鸿章做后台，他一定会卷土重来，以招商局作为立足点，实现他高官厚禄的渴望。
1885年夏天，唐廷枢奉命北上专办开平煤矿事，盛宣怀终于登上了轮船招商局督办的宝座。这回他大权在握，在督办的位子上稳稳坐了17年，直到1902年盛康去世回家丁忧为止。1909年他又被选为董事会主席，辛亥革命之后他依然担任了董事会副会长，直至他离开人世。在他去世之后，他的儿子盛恩颐、盛重顺、盛昇颐也均在轮船招商局任过要职。
