官本在买并旗昌船产后成为招商局突出的问题。招商局在买并旗昌前，官款约近百万，归并旗昌后达到190余万两白银，大大超过商款。商局既须筹还旗昌白银122万两欠款，又须对官本付息拨本，真是不堪其累。徐润也认为要使轮船招商局企业兴旺，必须在官款、商款的利息上做文章，才能使企业长久地维持和发展。直白说来就是“停止五年利息，可期周转无亏”。盛宣怀于1876年冬在南京与沈葆桢商谈借款时即曾建此议。具体的意见是“暂请五年为度”，5年之内，逐年缴还官本银十成之一，免缴利息；5年之后，逐年缴还本银十成之一，能有余力息项亦照商款均派。这样做：“在商局缴本一成，譬缴一分之官息，在公平中拨本一成，可望十年而归款，则官本之虑可释矣！”这样干下去，在盛宣怀看来，“洋人见我无掣肘之忧，或不拼命相拒，局员可专心经营；商股不至踟蹦，亦必接踵相继。”
至于“江船之多停”的问题，在盛宣怀看来，若能做到轮船自我保险，将其保息折旧，和官本缓缴息银，这个问题是不难解决的。例如，“仿照日本自置轮船办法，沿江沿海各处均准局船揽载，不必限定通商口岸”，这比之洋轮的有限制要优越得多；还可“请加拨各省漕粮”给局轮装运。这样，轮船招商局的船只有不够用之虑，何患多停？
1878年，总税务司英国人赫德拟《整顿招商局条陈》。他首先指出唐廷枢的历练识见不足，以致商局因管理不善而百弊滋生，“其弊之最大者莫如收取搭客水脚及上栈租费”，“总办、会办等多用伊等亲戚朋友充当局中司事，并不问其人之本事品行”等等。赫德提出这些弊病，是企图借招商局整顿之机将其归为洋商控制。他提出将招商局改组成新的股份有限公司，把局产按三折左右低价转给新公司，把民族资本的旧局，变为洋商控制的买办新公司。
机警的盛宣怀在1879年给李鸿章写了《对赫德〈整顿招商局条陈〉之意见》，揭露了赫德的目的，进一步提出了招商局致病之由和救弊之法。盛宣怀一针见血地指出：“该总税司所称将现在局中各产折实估价，转与新局一法，却于新局大有裨益。盖成本既轻，获利自易。不知新局成本之轻，即旧局亏本之大。”为此，盛宣怀提出及时弥补挽回旧局的方针，又提出实现此方针的“次第挽回之法”，归根结底是为招商局增加盈利。
首先是购造先进的新式轮船的问题。盛宣怀回顾商局历年购造船只的弊病是：价昂、船旧、耗煤多、行驶慢，而装货未必多。针对这种病源，盛宣怀认为“欲筹补救之法，莫如将本重而不能获利之船酌量减价陆续出售”，将售得之款存放起来，以备随时购造耗煤少、行驶速、装货多的新船。他甚至提出：“即以三十余号之旧船，换成十余号之新船，亦尚合算。”因为“盖修理省而费用少，目前虽似吃亏，久后终能获益。此贵精不贵多之说也”。这种降低消耗、增加利润以打败对手的资本主义经营之法，在当时是正确的、先进的。
其次是任用洋人管事的问题。招商局在创办之初，盛宣怀就极力主张“首戒洋人管事”。但自买并旗昌之后，洋员随旗昌船产一起移交过来，这些洋人不仅一直未去，“且授以重权，予必厚饩。各船既有船主、铁管，局中又用总船主、总铁管二人。窃思局中既有此二人，便不必再有总办；既有总办，而又用此二人，不但无裨局务，且因此转多修理枝节”，招商局的轮船修理资金多有浪费，与“局中之总船主，即系怡和之总船主，在对头处做事，大有碍于局务”也不无关系。同时，这些洋员的高工资也成为招商局的负担。盛宣怀认为，“苟能有裨局务，原不妨费此重资，无如雇用以来，实有如上所云之弊”，故“急宜及早斥退，以符定章而免后悔”。
