10年之后，久历漂泊的文物终于回到了南京。但令所有人都意想不到的是，又一次大规模的文物迁移竟然就在眼前。掌管文物的理事会在蒋介石的授意下决定将文物迁台，这个结果，让庄严一家人再度收起行囊。
1948年12月20日，庄严来到南京下关的码头上。他带着自己的家人，随着第一批共772箱故宫文物一起登上了海军总司令桂永清派出的“中鼎”号登陆舰。
庄灵：桂永清上将没有坐这个船，可是他养的一只很大的狼狗要跟着登陆舰一起走，我记得它短毛，毛亮亮的，眼睛很大，很神气。水兵要照顾总司令的这条狗，但没想到这条狗晕船，船一开它就叫，叫得很难听，而且还吐，吐了水兵拿桶子去接，弄得我们睡觉也睡不好，所以印象非常深。
这一趟旅行很辛苦。登陆舰中间本来有装什么战车、物资之类的大统舱，装文物的箱子经过固定后，就摆在统舱里，摆得很整齐，下面用大油布包起来。我们就睡在箱子的上面，等于睡在国宝上面。而且这个船，本来有两个推进器，但是坏了一个，只有一个推进器推着船，像跛子一样瘸着腿勉强开到台湾来。
“中鼎”号在海上跛行了五天后，才蹒跚地将文物运抵基隆码头。和黄金一样，它们下船后立即被守候在岸边的卡车运走，并用火车送到北台湾的杨梅暂时存放。
在“中鼎”号运送文物的同时，更多的文物正在加速打包，彻夜不停。第一批文物运抵后不到两个星期，第二批文物共3824箱又被搬上了招商局的“海沪”号，跨越海峡向台湾而去。
而身在台湾杨梅的庄严在此时接到了老师马衡的一封信，信中说：此后故宫文物在台，兄须好自为之。如此包含着无奈与责怪、托付与期待的一句话，让庄严心中感慨丛生。但无论如何，此时的庄严已没有了退路，第三批文物已打包好，正在等着被送上远行之路。
此时，已是1949年1月。
国民党军队在长江以北全线败退，内部要求蒋介石下台的声浪越来越高。蒋介石在此情此景之下，更加快了运送黄金和文物的步伐。1月10日，被任命为台湾省党部主任委员的蒋经国奉命来到上海与俞鸿钧会晤；16日，蒋介石亲自召见俞鸿钧，安排黄金运台事宜。一批又一批的黄金被秘密运出，即使1月21日蒋介石在一片责难声中宣布下野，俞鸿钧也于同时从中央银行总裁的职位上卸任，运送黄金的事情也完全不受影响，数百万两黄金源源不断地运抵台湾。
但文物的运送却在此时出了些麻烦。
索予明（故宫文物迁台押运人员）：东西运出去对于南京总是不利的，把好东西都搬走了，那些码头工人就不肯做这个事。当然这也是有人鼓动，也只是一个借口，因为我们事先跟码头工人已经约好了东西上船的价钱。但那时候正是过年，过旧历年大家都蛮隆重的，他们就觉得过年还要他们去搬这个，就不肯（去），拿这个借口来反抗。后来我们船长说加钱，反正就是要过旧历年的加班费、过年费对不对，给你钱。
加了工钱以后，装运总算顺利进行了。第三批总共1248箱文物被搬上了“昆仑”舰，其中包括抗战胜利后日本赔偿给中国的唯一一件物品：一扇翡翠屏风，这是当时中央博物院的主管杭立武坚持加上去的。而另有很多文物，则不得不被留了下来。
索予明：我们准备运2000箱，可是搬到一千多箱的时候舱位就满了，怎么办？结果我们把楼上的甲板都打开，医务室、餐厅、检务官的饭舱都不要了，通通塞箱子。这样把箱子塞上去了，后来一算，岸边还剩下七百多箱。
1月30号，“昆仑”舰在炮火声中驶离南京。所有人都没想到的是，在运送的途中又出现了意外，“昆仑”舰突然转向。
