关于改革，政府组织也不能例外。新政府班子出台之前，我就下决心要将政府组织的调整进行到底。1997年年末，我将此事交给朴权相先生来负责。我请求他要建立一个花费更少的税金而更有效率的组织。朴权相委员长领导的政府组织调整审议委员会（政改委）于1998年1月6日正式诞生了。
我的想法是要建立一个“虽小却能干的政府”。首先，以总统为中心，可以有效地发挥领导力，改善国政运营体制。我对政改委的委员们下达指示，要求他们研究出一套预算与人事可以直属总统管理的方案。根据此项内容，通过了由长官级负责的财经院预算室变更为总统直属的企划预算处，成立由总统直属的中央人事委员会的议案。
这样的构想马上遭到了大国家党的反对。大国家党认为预算与人事机能都由总统直属管理的话，总统可以利用权力干预人事，而导致专权的部署，所以强烈反对。但是这些都是误会。中央人事委员会独立的话，总统与各个部署长官行使的人事权就可以通过人事委员会进行有效的牵制。我向朴委员长反复强调这些改革措施一定要贯彻到底，但是结果却让我很失望。政府的组织调整案最后进行了妥协。企划预算处分离为企划预算委员会与预算厅，分别归总统直属与财经部下属。这形成了预算编制的方针由企划预算委员会编写，实务性的预算执行则由预算厅来进行的十分畸形的组织形态。中央人事委员会则流于空谈。
副总理级长官管辖的部门则由财经院变为了财经部。预算职能赋予预算厅，金融监督业务由金融监督委员会来负责，对外通商业务则由外交通商部来执行。财经院缩小的原因是财经院掌管着经济政治等全方位的核心机能，错误的政策不能真正地受到牵制，体制很不健全。各个部门分散的通商交涉机能则统一由外交部来进行，将其整合为外交通商部。1998年2月17日，政府组织改革调整案由议会通过了。
就任以后，政府组织的改革也变得不能逃避。企划预算委员会委员长陈稔提出将政府组织进行诊断的报告，特别是将政府组织交给民间的经营咨询公司来诊断。这种做法非常出人意料。但仔细想来，以民间机关的视角来诊断政府组织，也会有一定的意义。政府组织在官僚思想、部门间的利己主义的影响下，组织改革屡屡碰壁。19个民间经营咨询公司将政府组织分为9个领域进行了组织诊断。
4个月的诊断结束后，第二版政府组织改革案出台了。1999年3月4日发表的改革试行案颇具划时代的意义。企划预算委员会与预算厅合并，成立了企划预算部。这是再次加强预算与人事机能的做法。另外，第一次改革时，告吹的中央人事委员会也准备重新成立。产业资源部、科学技术部、信息通信部合并成为产业技术部，劳动部与福利部合并成为劳动福利部，还有废除海洋水产部的议案。陈稔委员长咨询了各个相关部门的长官的意见，大部分人对此还是满意的。他斗志昂扬，大刀阔斧地开始改革。
但是，第二次的改革案却遭到了强烈的反对。相关部门以及自民联的反对也异常激烈。主张以内阁制来进行改革宪法的自民联强烈反对以总统为权限中心的政府组织改革案。我指示陈稔委员长与金钟泌总理进行积极的协商。金总理召开了国务委员座谈会，并召开了国民会议和自民联的党政会议，调整互相之间的意见。
结果部门之间的合并基本上流于空谈。本来归为总统直属部门的企划预算部也变为企划预算处，改为总理室下属机构。只保留成立中央人事委员会的决定。通过民间机关的咨询推出的第二次政府组织改革，也虎头蛇尾地结束了。希望成立“虽小却能干的政府”的梦想，也终究成为了“不能完成的改革”。将来希望有人能明白我所作出的努力。
