一九〇一年九月十八日，周作人抵达南京下关。即往水师学堂，见着叔祖和也在该处就学的叔叔周伯升，以及从矿路学堂赶来相会的大哥。暂在周椒生家寄寓。九月二十二日参加额外生考试，题为“云从龙风从虎论”，考生共五十九人。老师对他的试卷批曰“文气近顺”。出榜，计取三名，周作人列备取第一。九月二十九日参加复试，题为“虽百世可知也论”。“以后不曾发榜，大概这样就算都已考取了吧。”[1]十月十四日，开始上课。
关于这所学堂，他介绍说：“江南水师学堂本来内分三班，即是驾驶、管轮和鱼雷，但是在一九〇一年时鱼雷班已经停办，驾驶与管轮原设有头二三班，预定每班三年，那时候三班也已裁去，事实上又不能招收新生直接加入二班，所以又改头换面的添了一种副额，作为三班的替代。招生时称为额外生，考取入堂试读三个月，甄别一次，只要学科成绩平均有五成，就算及格，比后来的六十分还要宽大，这之后就补了副额学生了。各班学生除膳宿、衣靴、书籍、仪器悉由公家供给外，每月各给津贴，称为赡银，副额是起码的一级，月给一两，照例折发银洋一元，制钱三百六十一文。我自九月初一日进堂，至十二月初一日成为正式学生，洋汉功课照常进行，兵操、打靶等则到了次年壬寅即一九〇二年三月发下操衣马靴来，这才开始。洋汉功课，我用的是原来的术语，因为那里的学科总分为汉文、洋文两部，一星期中五天上洋文，一天上汉文，洋文中间包括英语、数学、物理、化学等中学功课，以至驾驶、管轮各该专门知识，因为都用英文，所以总名如此，各班由一个教习专任，从早八时到午后四时，接连五天，汉文则另行分班，也由各教习专教一班，不过每周只有一天，就省力得多了。就那时计算，校内教习计洋文六人，汉文四人，兵操体操各一人，学生总数说不清，大概在一百至一百二十人之间吧。”[2] 周作人“属管轮班”[3]。
上课第一天，进的就是“洋学馆”，而此前周作人素未接触英语。幸得事先补习一番。九月二十八日日记云：“升叔教英文字母。”次日复云：“升叔教字母竣。”十一月十一日，参加汉文分班考试，题为“问孟子曰，我四十不动心，又曰，我善养吾浩然之气，平时用功，此心此气究如何分别，如何相通，试详言之”。发榜，共分三班，他列头班第二十名。一九〇二年一月二十二日，挂牌准补副额，成为正式学生。同学曾“戏作花榜”，关于周作人的印象是“内蕴不露，接物谦和”，而他自己并不是认：“予哑然笑其皮相也。”[4]
以后他回顾学堂生活说：“从一九〇一年到〇六年，在南京住过五年多的日子，名称是当水师学生，本家说坏话的长辈说这是兵，可见那时好人家子弟是不会来的，可是那生活却也着实不错，不但是公费供给，便是宿舍也住得很舒服的。大概二百四十平方尺的一间房里住两个人，各有一个板床，桌子，书架，箱架，面盆架，凳子一两个，油灯一盏，大概可以点到半夜，也可改点洋灯，只须贴两角钱给听差就行。宿舍两排，中间一个大院子，前窗和门开在这面，后窗外是一大片空地，体操场和桅竿都在那里，这所说的是管轮班的情形，驾驶班宿舍还隔一段路，也是大同小异。……一日中功课不多，兵操打靶也没有陆师那么严重，晚饭后便很自由，买几两白干与花生米或牛驴肉，招同学共饮，或看违禁书报，作革命运动，亦无不可。”[5]他称这段岁月为“自由宽懈的日子”[6]。
然而谈起学业本身，周作人却说：“洋文功课是没有什么值得说的，头几年反正教的都是普通的外国语和自然科学，头班以后才弄航海或机械等专门一点的东西。……我说汉文功课觉得轻松，那是因为容易敷衍之故，其实原来也是很难的，但是谁都无力担负，所以只好应付了事了。”[7]至于出操、打靶，亦无甚所得。五年里的真正收获，除了学习一门英语之外，几乎都来自课外阅读。即如其所说：“在书房学校里我曾有过不少的先生，但于思想及文字上都没有什么影响。倒是在外边却有几位的文章言论给予我好些感化，为我所不能忘。”[8]他在南京就学初期，阅读范围尚且限于中文作品，包括原著与译作在内。“所看汉文书籍于后来有点影响的，乃是当时书报，如《新民丛报》，《新小说》，梁任公的著作，以及严幾道林琴南的译书，这些东西那时如不在学堂也难得看到，所以与学堂也可以说是间接的有点儿关系的”[9]，而这首先仍应归功于鲁迅。从前在杭州、绍兴时，他就托人带书给弟弟看，现在二人同处一城，借阅自更方便。譬如林纾译《巴黎茶花女遗事》和严复译《天演论》，皆得自他之手。以后鲁迅去到日本，依然关照弟弟阅读，或寄，或带，或嘱就近购买。严译亚丹斯密《原富》、穆勒《名学》，加藤弘之《物竞论》，涩江保《波兰衰亡战史》等等，均在其列。
周作人一九〇二年二月二日日记云：“晚大哥忽至，携来赫胥黎《天演论》一本，译笔甚好。”此书断断续续读了许久，至次年五月四日，日记还有“看《天演论》”的记载。这与鲁迅在《朝花夕拾》中所述自己当初读到《天演论》的热烈反应，似乎颇有差别。后来周作人说：“我们正苦枯寂，没有小说消遣的时候，翻译界正逐渐兴旺起来，严幾道的《天演论》，林琴南的《茶花女》，梁任公的《十五小豪杰》，可以说是三派的代表。我那时的国文时间实际上便都用在看这些东西上面，而三者之中尤其是以林译小说为最喜看，从《茶花女》起，至《黑太子南征录》止，这其间所出的小说几乎没有一册不买来读过。这一方面引我到西洋文学里去，一方面又使我渐渐觉到文言的趣味，……我在南京的五年，简直除了读新小说以外别无什么可以说是国文的修养。”[10]也许开始对《天演论》的兴趣还在文字方面，意义正与《巴黎茶花女遗事》等相当；思想上接受影响，尚待循序渐进。一九〇二年三月九日的日记，即为一例：“夜阅《物竞论》少许，虽不甚解，而尚微知其意理，以意揣之，解者三四，颇增兴会。”
周作人说：“到了庚子以后，在南京读到《新民丛报》和《新小说》，恍然如闻天启；读《饮冰室自由书》，觉得一言一语无不刻骨铭心，永不能忘。”[11]或许因为读了梁启超意思浅显，言辞生动的著述，他才真正接受进化论之“物竞天择、优胜劣汰”；而这与国家命运、民族命运相联系，是非常具体，非常切实的道理。他当时日记中留下不少相关记载。如一九〇二年八月六日云：“夜向同学黄君明第借得《新民丛报》十一号（六月朔出）阅之，内好书甚多，率皆饮冰子所著。看至半夜，不忍就枕，善哉善哉，令我有余慕矣。”八月九日云：“夜借得《自由书》一册，阅之美不胜收。”八月十七日云：“下午看新会梁任公启超所著《现世界大势论》一卷，四月出板，后附《灭国新法论》，词旨危切，吾国青年当自厉焉。”十一月六日云：“晨看《中国魂》半卷，其中美不胜收，令人气壮。”一九〇三年四月二十二日云：“上午看《清议报通论》两卷共二百余帧，材料丰富，论议精当奇辟，足以当当头之棒喝，为之起舞者数日。”等等。就中不少读物，亦由鲁迅提供。
[1] 《学堂生活》（一九五一年十月二日至二十六日《亦报》，收《鲁迅小说里的人物》）。
[2] 同上。按文中所言，系阴历月日。
[3] 《知堂年谱大要》（一九六四年七月十五日作）。
[4] 一九〇二年三月十六日日记。
[5] 《学堂生活》（一九五〇年四月四日《亦报》）。
[6] 《怀旧》（一九二二年八月二十四日《晨报副刊》，收《雨天的书》）。
[7] 《学堂生活》（一九五一年十月二日至二十六日《亦报》，收《鲁迅小说里的人物》）。
[8] 《我的负债》（一九二四年一月二十六日《晨报副刊》）。
[9] 《知堂回想录·老师二》。
[10] 《我学国文的经验》。
[11] 《我的负债》。
