噶尔丹想借沙俄力量与清王朝抗争，却被沙俄利用，成了沙俄与清朝政府讨价还价的筹码。他最终被沙俄抛弃，成为过河卒子，无路可退。噶尔丹的失败，从根本上说，他的行动违背了我国由多民族国家走向统一与巩固的历史潮流，到头来不免走上覆灭的道路。
从这一意义上说，噶尔丹是一个悲剧性的历史人物。
噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦为讨好清廷，将噶尔丹的骨灰献给康熙皇帝。1698年，策妄阿拉布坦正式成为准噶尔大汗，准噶尔故地尽归其所有。
伊犁河流域土地肥沃，水源充足，物产丰富，成了策妄阿拉布坦的根据地。他在伊犁河北岸修建了“会宗之所”——固勒扎都纲（即金顶寺），成为厄鲁特蒙古的宗教、政治中心。
策妄阿拉布坦也是一个雄心勃勃的人，他先是派其弟策凌敦多布西征，征服了哈萨克汗国的头克汗，又数次击败沙俄的入侵。1717年，策妄阿拉布坦派策凌敦多布率6000骑兵从和田出发，自西路入藏，一举击败拉藏汗，攻占拉萨，在西藏建立了统治。
随着统治权力的扩大，策妄阿拉布坦与清朝政府的矛盾日渐加剧。清朝曾两次出兵征讨，先败后胜，终将策凌敦多布赶回伊犁，建立了对西藏的直接统治。
1725年，清朝新即位的雍正帝同策妄阿拉布坦议和，划分了边界，并商定互相贸易。策妄阿拉布坦对维吾尔族与中亚的政策是人质制，把他们送到伊犁，“执其酋，收其赋”。策妄阿拉布坦将南疆的维吾尔族人迁移到伊犁屯田，称他们为“塔兰其”，意思是种地之人。
1727年，策妄阿拉布坦去世，其子噶尔丹策零继位。此时，准噶尔汗国到达其巅峰，领土范围包括乌兹别克斯坦、新疆、青海、蒙古高原西部、今哈萨克斯坦、阿富汗等广大地区，人口达到500余万。史料记载“控弦近三十万人，驮马牛羊遍山谷”，首都伊犁“人民殷庶，物产饶裕，西陲一大都会”。伊犁河北建有固勒扎都纲，河南建有海努克寺，均是“绕垣一里许”的大寺庙，“每逢岁首、盛夏，其膜拜顶礼者远近咸集，往往施珍宝，捐金银以示庄严”。
雍正年间，清廷与准噶尔进行了两次战争。雍正八年（1730）清廷命噶尔丹策零将叛乱的罗卜藏丹津送回，噶尔丹策零探知清军西进来讨，返回伊犁备战。入冬，噶尔丹策零偷袭清军西路军营。
雍正九年（1731）六月，准噶尔部首领噶尔丹策零与清朝在和通泊地区（今新疆阿勒泰北与蒙古边界地区）展开了一场战争。噶尔丹策零使用了诈降、诱敌深入、诱敌野战等兵法，抓住了清军统帅傅尔丹立功心切的弱点，战而胜之。清军几乎全军覆没、败亡而逃。噶尔丹策零踌躇满志，不可一世，多次向清廷挑衅。
雍正十年（1732）夏，噶尔丹策零又派小策零敦多布率兵3万，进掠克鲁伦地区，与将军塔岱及喀尔喀亲王额驸策棱所率清军相遇，双方在额尔德尼昭（光显寺）激战，准噶尔军队中伏被围，仅噶尔丹策零、小策零敦多布率残部突围。噶尔丹策零精锐尽失，被迫遣使求和。
1732年，沙俄见准噶尔势力渐衰，派乌格柳莫夫索取亚梅什湖之战中被俘的数百俄国人，遭到噶尔丹策零的严词拒绝。噶尔丹策零派遣特使前往彼得堡，向俄国女皇递交了一封信，对俄国的蚕食侵略提出严重交涉。噶尔丹策零在信中详细说明了准噶尔的疆界，列举了边界地区总数约5000帐的各准噶尔爱玛克（村落）的界址，要求沙皇下令撤出入侵的俄国人员，并威胁说：“否则我决不能容忍他们在我的土地上生活。”
1745年，准噶尔汗国爆发大瘟疫，年已50岁的噶尔丹策零虽然到哈萨克躲避天花，但仍然没能逃脱瘟神的加害。9月他回到伊犁后，染病去世。亚洲最后一个可以和大清帝国对阵的人物倒下了。
