对一个不断处于战争之中、怀揣着帝国主义梦想的国家来说，一支长期固定的军队是必不可少的。此外，长期军队建制的需要，例如那不勒斯和奥兰（Orán）的守备部队，北非的要塞—布吉亚（Bugía）、腊拉什（Larache）、拉格雷塔（La Goletta），导致了长期军队管理的创制和官僚机构的增加。莱潘托战役使塞万提斯成了一位英雄，但也成了一位伤残者，正是这一点使他全心全意地考虑在军队管理部门开辟自己的一份事业。与此同时，在神圣同盟上下欢庆的过程中，在君士坦丁堡，人们收到了战败的消息目瞪口呆。土耳其舰队的带头人阿里·帕夏（Ali Pasha）被斩首，而他的船只还在攻击堂·约翰的船队。当然，乌鲁奇—阿里（Uluch-Ali）逃跑了，潜回了君士坦丁堡，带回了溃败和帕夏暴死的不幸消息。塞利姆二世（Selim II）的反应是委任乌鲁奇—阿里重建土耳其舰队进而重振伊斯兰的雄风。重建土耳其海上力量的命令对疲乏的基督教军队来说意义甚微，连同获得自由的苦役犯，基督教部队脑中所想的已经是着手战争掠夺。怀着远见卓识，堂·约翰写信给他的兄弟，也就是其时被称赞为信仰的保卫者（这是一件英国亨利八世一度穿破了的披风）的国王。信中建议：土耳其人已经被打败，但并没有被征服，他要计划后续行动。教皇庇护五世同样写信给菲利佩二世，敦促他赶快行动，准备好新的攻势。当然，随着冬天来临，神圣同盟的成员各行其道，在有关未来的所有战役上没有达成共识。当庇护五世于5月离世时，他的继任者额我略十三世（Gregory XIII）也敦促菲利佩二世采取行动，但是未见任何成效。而后来整个世界才明白为什么。菲利佩已经得到低地国家可能叛乱的风声，需要他的军队应对这一突发事件。与此同时，塞万提斯仍待在墨西拿的医院里。幸运的是，尽管他不再能用自己的左手，但左手并没有被截肢—虽然有许多图画将他描绘为独臂之人—他并没有加入在西班牙成立的乞求谋生的战争伤员大乐队。1572年7月，塞万提斯重新加入了他的军团并前往科孚岛（Corfu），从这里，他将在地中海做多次出游。下一份有关他身在何方的档案记录是1573年2月在那不勒斯，他的伤依然没有痊愈。
莱潘托战役对西班牙和作为西班牙人的塞万提斯意味着什么，也许可能在他以这次冲突为基础、标题为《海战》的戏剧中得到了揭示，不过这一戏剧已经失传。它的主题，与他的同时代人如此息息相关，可能使它极受去剧院的人喜爱。127艘土耳其帆船和小型商船的损失，是“地中海历史上史无前例的事件”，表明了训练有素的穆斯林人力的巨大损失。但是，由于荷兰的叛乱和葡萄牙人1578年在摩洛哥的路线选择，战败奥斯曼人的程度不完全明显。在莱潘托战役之后，塞万提斯加入了洛佩·德·菲格罗亚（Lope de Figueroa）所领导的军团，并参加了在《俘虏的故事》中描绘过的一系列战役。但是，不论他可能多么地心甘情愿，由于他的左臂已经无能为力，他不再能充当一名火绳枪手，所以他的从军必定受到了限制。然而，在所有有关他的文献中，都根本没有提到这一点。事实上，他将在意义重大的战役中再服役四年。在科孚岛、纳瓦里诺（Navarino）、突尼斯、拉格雷塔，他见证了战争的变迁兴衰，看到了西班牙军队没有利用他们在莱潘托战役之后的优势。假如利用了这种优势的话，就会占领默多（Modón）和纳瓦里诺两个地方。塞万提斯还将知道海军士兵生活—他们的运气如此经常地依赖于天气，天气是航运和所有海上冲突的主人，并且解释了塞万提斯和与他并肩战斗的同志为什么长时期龟缩在各港口，等待风暴过去和春天到来。
