不幸的是，对这个新的养家糊口之人来说，在阿尔卡拉·德·埃纳雷斯的工作竞争也相当激烈。阿尔卡拉·德·埃纳雷斯已经成为医学研究的一个重要中心，医生多而病人少。由于要支撑他母亲和到1550年已达六人的家庭圈子，罗德里戈的厄运真正开始降临，并且实际上再也没有离开过他。他的第一个孩子生于1543年，是一个名叫安德烈斯的男孩，死于襁褓中。1544年，他们的长女安德里亚（Andrea）降生，接下来是1546年路易莎（Luisa）降生。次年，米盖尔（Miguel）呱呱坠地，三年之后，另一个男孩降生，随他的父亲取名为罗德里戈。这些孩子都出生在阿尔卡拉·德·埃纳雷斯。只有马格达莱娜（Magdalena）例外，她1552年出生于巴利亚多利德。在她出生之前，罗德里戈为了找到报酬更丰厚的工作，已决定搬家。导致他决定离开出生地的原因之一，似乎是一个显要的顾客拒绝付账，原因是声称罗德里戈没有治好他的儿子。无论是否如此，这对他的职业水准都是一种诋毁，这笔账单永远也没有付，而罗德里戈也难以诉诸代价高昂的诉讼，于是决定搬离。
巴利亚多利德有35 000名居民，那时是西班牙的首都，地球上最繁华的城市之一。它也以其宗教正统为傲，这种证据可以在菲利佩二世统治时期宗教裁判所（the Inquisition）所核准的在其主广场公开烧死异教徒中可以看出。人们没有提到或讨论罗德里戈是否赞同这种惩罚。他所想的是更直接的事情。对一个寻求有利可图职业的父亲来说，该市似乎会提供他不能忽视的前景。搬到这里标志着其中的一个意图是找到常规工作，并因此找到一定程度的安全感。当然，尽管大法官法庭的大厅和议会的接待室富丽堂王，罗德里戈在巴利亚多利德碰到的却只是一如既往的困难和窘境，其中包括大概在1552年至1553年，曾以欠债人身份入狱，并面临家产全部被罚没的威胁。这起源于因为他到达时，他和他的姐姐玛丽亚一起取出了一笔要在当年内归还给佩德罗·加西亚（Pedro García，他也共同签署了借款协议）和格里戈里奥·罗马诺（Gregorio Romano）的借款。他以家中一部分精良的银器作为归还抵押。由于不能兑现他的抵押，罗德里戈和两位担保人之间随后产生了激烈的纠纷，结果是在监狱度过了一段令人不快的时间。按照卡纳瓦焦的说法，罗德里戈的妻子在他被释放之前，于1552年7月生下了马格达莱娜。假如卡纳瓦焦的推断是正确的话（因为没有留下任何出生证明），对马格达莱娜来说，发现她出生时父亲仍在铁窗之后，必定是深感丢脸的。
