国民党改组后，确曾有过一段“党权高于一切”和“以党制军”的时光。但这局面未能维持多久。北伐打到长江流域以后，军权迅速窜升，最终形成蒋介石藉“党军”坐大的格局。南昌与武汉“迁都之争”以及“提高党权运动”，实际仍是文武之争。四一二事件发生后，当时尚站在武汉一方的宋子文，最初的反应就是觉得文人被武人制裁了。他亲口对当时一位来华的美国哈佛大学教授说：“国民革命的主旨是以党治军，就是以文人制裁武人。现在都完了！文人制裁武人的局面全被推翻了。”
当蒋介石筹划清党时，上海西山派曾表示愿意与之合作清党。但当时蒋介石鉴于西山派之“反革命”名声，认为尚不宜取消“打倒西山会议派”口号。故四一二上海清党时，西山派在上海环龙路44号之中央党部亦被查封。直至6月7日，南京中央常务委员及各部部长联席会议，才决议恢复西山派诸人的国民党党籍。
三 蒋胡合作，重老轻青
1927年8月12日，蒋介石被迫辞职下野。宁、汉、沪三方试图合作。
宁、汉、沪三方合作，党统上有一大障碍，即以何种名义来统合？汪精卫坚持在南京召开二届四中全会来解决党内一切纠纷。而宁、沪两方均反对。因宁方否认1927年3月间在武汉召开的二届三中全会，认为此会是在中共“劫持”下召开的，自无继此而开四中全会之理。沪方西山派则不仅否认二届三中全会，连广州“二大”和二届中委亦不愿承认，最低限度亦须粤二届与沪二届各举同等人数合开国民党“三大”。如照汪之提议开二届四中全会，则西山派诸人均非武汉方面所承认的二届中委，势将被摒除于外。为了打开僵局，孙科提议，暂时由三方共同组织一个过渡性的中央最高机构，代行中央执监委员会的职权，负责筹备第三次全国代表大会，以解决党统上的困局。这个过渡性的机构，取名为“中央特别委员会”。
1927年9月16日中央特别委员会在南京成立后，西山派分据要津，声势大张。而原来希望在蒋介石下野后便可重掌党权的汪精卫则大失所望，又转而通电反对中央特委会。
蒋介石决意复出，也必须推翻特委会，有意与汪联手。11月，蒋邀汪赴沪共商召开二届四中全会事宜。恰当此时，拥护汪精卫的粤系军队张发奎、黄琪翔部，发动兵变，围攻支持特委会的桂系李济深、黄绍竑。随后中共趁机发动广州起义。事变发生后，胡汉民、吴稚晖、李石曾、蔡元培、张静江等留居上海的一批元老派中委以及西山派、桂系等纷纷指责汪精卫与陈公博，认为张、黄兵变与中共暴动均为汪等所促成。汪精卫难以在国内立足，遂发表辞职引退通电，乘轮去国。
11月22日，南京发生群众示威游行集会，请蒋介石复职，被军警镇压，死伤多人。惨案发生后，蒋介石要求追究查办，借此打压西山派。 时在中央特委会负责的西山派人士在南京无法立足，纷纷他往。胡汉民与孙科亦出洋考察。
在这场斗争中，蒋介石采取左右逢源之术，一方利用粤变之后西山派等元老对汪派之谴责与弹劾，将汪逼走海外；一方又利用汪派促开二届四中全会，搞垮西山派及中央特委会，从而坐收渔利。1927年12月28日中央特委会宣告结束。1928年1月9日，蒋介石在南京通电复职。
2月2－7日，蒋介石主持召开二届四中全会。是次全会是国共分家、南京国府成立后举行的首次中央全会。大会改变了联俄容共时期的路线方针，从思想理论，到政策制度，全面由激进转向保守。
1928年8月召开二届五中全会，胡汉民、孙科等从法国致电南京，倡议开始训政，设立五院。10月，国民党中央接纳胡汉民草拟的《训政大纲》和“五院制”提议，以此为契机，蒋介石与胡汉民合作，蒋担任政府主席，胡担任立法院长。
