蔡元培笑了，他早料到陈独秀舍不得丢掉《新青年》，因此提议将《新青年》带到北大，以吸引北大学者名流加入，那样对《新青年》的发展也会有所帮助。蔡元培这个建议让陈独秀眼前一亮，最终决定接受邀请，但仍担心自己不能胜任，因此留有余地，提出试任3个月，能够胜任就继续做下去，无法胜任再回上海，蔡元培点头答应。
此次进京，不仅陈独秀得到任职北大的机会，汪孟邹也是收获颇丰，为书局招股十余万元，加上南方认股数万元，以及“亚东”、“群益”原有资本，共有30余万资金，为书局的成立奠定了基矗
回到上海后，高君曼听说陈独秀将到北大任职，非常高兴。但此前陈独秀考虑在老家全皖中学读书的两个儿子陈延年与陈乔年。他们已经长大，应该让他们出来闯一闯，于是在《青年杂志》创办之后的1915年冬写信让兄弟俩来上海。
兄弟俩到上海后，先在陈独秀家中小住了一段时间，随后便搬出去自谋生路，白天在外打工，晚上到法租界法语学校读书，夜里就住到编辑部店堂的地板上，每天的伙食都是大烧饼就自来水。当时延年17岁，乔年13岁，兄弟俩从来不向父亲要钱。这让高君曼心里十分难过，为此与陈独秀争论多次，而陈独秀坚持要让两个孩子在外面吃苦，接受锻炼。如今去北京，将两个孩子留在上海，高君曼心里更觉得不是滋味。
在高君曼的要求下，去北京前，陈独秀关照汪孟邹，每月从《新青年》的发行费中拿出十几元，贴补延年、乔年的生活。汪孟邹连忙答应：“应该的，应该的，小兄弟俩太可怜了。”此前汪孟邹和陈独秀的老乡潘赞化受高君曼之托，多次为接济小兄弟俩的事劝说陈独秀，都没有效果，如今陈独秀总算动了“怜悯之心”，汪孟邹高兴得不得了，连称高君曼“堪称女中豪杰”。
1917年元月中旬，陈独秀携高君曼及一双儿女入京，住在北京箭杆胡同9号。不料，陈独秀出任北大文科学长后，在校内引起一场轩然大波，一些顽固守旧势力对陈独秀充满敌意，章太炎弟子黄侃、马裕藻等人对陈独秀更是冷嘲热讽，说他：“只不过能写些笔记性文章，没有获得任何学位，竟来北大任文科学长，真是笑话。”
这些人都在《新青年》抨击范围内，认为陈独秀打倒孔家店、提倡白话文的主张实属“叛逆”，不屑与之为伍，更不愿在他手下任教。好在蔡元培对陈独秀表示绝对的信任，力排众议，将文科人事、行政全权交由陈独秀负责，使陈独秀用实际行动堵住了顽固守旧派的嘴，得以在北大立足。
陈独秀结合蔡元培“兼容并包”、“思想自由”等办学方针，对北大文科进行整顿改革。同时受蔡元培之命，邀请尚在美国即将毕业归来的胡适到北大任教，还聘请了李大钊、刘半农等新文化运动提倡者加入北大文科教授行列。这些人不仅成为陈独秀整顿北大文科的主力，也成为《新青年》的骨干力量。陈独秀在北大立足之后，随即将《新青年》编辑部搬到北京。
此时，胡适应陈独秀约稿，从美国寄回一篇《文学改良刍议》，刊登于《新青年》第2卷第5号，胡适在文章中主张以白话文代替文言文，被视为“文学革命发难信号”。陈独秀对这篇文章欣赏之余，觉得不够深刻，又在《新青年》第2卷第6号发表《文学革命论》，呼应胡适，提出“三大主义”：即“推倒雕琢的、阿谀的贵族文学，建设平易的、抒情的国民文学”；“推倒陈腐的、铺张的古典文学，建设新鲜的、立诚的写实文学”；“推倒迂晦的、艰涩的山林文学，建设明瞭的、通俗的社会文学”，将反封建的内容同反文言文的形式相结合，将胡适的“文学改良”发展成一场声势浩大的“文学革命”。
