如果不能在短期内结束战争，很可能导致孙吴乘机从荆州西进，曹魏夺取汉中南下，这样一来，刚刚建立起来的蜀汉政权极有可能付诸东流。因为此，诸葛亮面对南中叛乱这后院起火的严峻形势，只得采取慎重稳妥的“和抚”方式去解决，首先他派邓芝出使东吴，与东吴恢复同盟，以消减雍闿与孙权之间的联系。再让曾做过犍为太守的李严致书雍闿，“解喻利害”，同时一方面采取和抚，一方面“务农殖谷，闭关息民”，积极做好将来一旦和抚不成，再发动战争的必要准备。
三年之后，蜀国的政局基本得到了巩固，而他的和抚政策终于无效之时，诸葛亮这才毅然决定南征。
南征军兵分三路，东路由牂牁太守率军直取朱提的朱褒，中路派庲降都督李恢由平夷出发沿东行古道进攻盘踞建宁（曲靖）的雍闿、孟获。
诸葛亮自己则亲率大军从南方丝绸之路的西路进攻越嶲（今西昌、楚雄北部一带）的高定。高定在汉源、昭觉、盐源一带筑垒设防，迎战诸葛亮。
这时，盘踞建宁的雍闿和孟获开始进据永昌，其部队已深入到了越嶲境内。按照诸葛亮事前的部署，是等到高定军众集合之后再布阵抗敌，却没想到情况出现了大的转机，进军永昌的雍闿突然为高定的部落所杀。一时两大部落的军队乱成了一团，对诸葛亮来说这真是天赐良机，诸葛亮乘此机会击杀了“称王恣睢”、“破没郡土”的越嶲郡太守高定。
剩下孟获势单力薄，只好放弃进据永昌的计划，率领部众回渡泸水。由会泽方向沿着西驿古道向曲靖撤退。这时候，已经是到了五月仲夏的日子，高原上的杜鹃花已经凋谢，金沙江河谷一带正是酷热难当的时节。
而南征大军出发的时候，还是春光明媚的三月，气候宜人，百花盛开。诸葛亮率军五月从四川会理渡过泸水（金沙江），沿西行古道追击孟获，接下来，便是演绎了与孟获部众在这条古驿道线上的、人人皆知的、七擒七纵孟获的故事。
最后孟获口服心服，表示永远不再反叛。诸葛亮随后又率军到了滇池，最终完全平定了南中。
诸葛亮平定南中之后，没有在南中地区留下一兵一卒。而是采取“抚和”政策，大量起用“夷汉并所服”的当地大姓。他认为“若留外人，终不相信”，多用当地人，才可以使“夷汉初安”，这也是历史的经验告诉他的。
他采取的政策首先是使南中地区进一步郡县化，以加强蜀国对南中的统治。
他治理的步骤，首先是将原设在贵州毕节的南中军事管制机构庲降都督移到曲靖，变为政治、军事的地方政权机构。
这与当时蜀汉政权所建立起来的其他汉中、巴东、关州、江都四个都督不同的是，从它南迁曲靖建立开始，蜀汉政权就明确地赋予了行政职权，这一南迁，自然完全是出于蜀汉政权政治、军事上的需要。
同时，在建制上，诸葛亮将两汉以来的四郡重新作了调整，把益州郡废除设立建宁郡，并将郡治从晋宁迁到曲靖味县所在地三岔。
在滇越、广西、贵州接壤地区新设兴古郡，面向交州；在保山和滇池地区之间的祥云又新设云南郡，用于衔接曲靖与保山；加上原有的永昌郡、越嶲郡和牂牁郡一共改为七郡。
而这七郡的布设，均偏重于云南东部，并以曲靖麒麟城为中心，形成了一个北有朱提郡（昭通），东有牂牁郡（贵州）。南有兴古郡，西有越嶲郡（西昌），西南有云南郡和永昌郡这样一个格局。
在诸葛亮南征以前，庲降都督统辖着五郡六十县。南征之后，随着郡县的调整和增设，它的行政职权进一步扩大，最后发展到了统辖七郡六十二县。疆域包括了云南大部、四川南部、贵州北部地区。
这种格局的形成，标志着曲靖成为云南政治经济文化中心的开端，从此云南自滇国崩溃之后，在极度的涣散中重新找到了新的平衡点：这也是诸葛亮出山之后，按照隆中对所构想的治国方略一步步走出的棋子。
