近年，他在大陆累计出版了《华夏边缘—历史记忆与族群认同》（社会科学文献出版社，2006）、《楚乡悲歌：项羽传》（广西师范大学出版社，2007）、《羌在汉藏之间—川西羌族的历史人类学研究》（中华书局，2008）和《游牧者的抉择：面对汉帝国的北亚游牧部族》（广西师范大学出版社，2009）、《寻羌：羌乡田野杂记》（中华书局，2009）、《英雄祖先与弟兄民族：根基历史的文本与情境》（中华书局，2009）。此间，王明珂还整理出版了史语所前辈黎光明、王元辉合著的《川西民俗调查记录1929 》（原名为《川康民俗调查报告》）。
王明珂试图建立一种历史知识，让当下所有的汉族与少数民族都对自身在历史上的存在有深入了解，从而知道如何珍惜及改进社会现实，进而让整个体系具有自我调节的功能。但以“历史记忆”来研究族群认同与历史的努力也招致了怀疑：有台湾史学前辈质疑，“历史怎么会是人们想什么就是什么”；也有人类学者不认为王明珂研究的是历史人类学，因为“西方历史人类学者没研究这些问题”。王明珂在羌寨多次听到“毒药猫”（一般指有毒、有巫术的人，多为女性）的传说，他发现这事实上是人们创造的一个内部敌人，作为代罪羔羊以化解群体内部的紧张与敌对，这是人类凝聚我族的惯用伎俩。王明珂想创作一套完整的“毒药猫理论”，同时，他自己无惧于各学科的主流权威，宁愿做一个有主动穿越、破坏边界能力的毒药猫。
