从那时起，参与曼哈顿计划的官员和科学家就分为两派，一派支持原子弹制成后投入使用，另一派则表示对这种想法很恐惧。这种分歧并不只存在于军人和文职人员之间，爱德华?泰勒一开始就坚持走强硬路线，而最初就主张禁止使用核武器的却是核物理学家们。甚至在德国已有原子弹的传说还未澄清以前，他们中的一些人就已深信美国应该与世界科学家们分享这个新发现。在他们的催促下，1944年8月26日下午4点，尼尔斯?玻尔拜访总统，讨论这一问题。派玻尔完成这件事其实并不是一个明智的选择，因为他很啰唆。总统的时间本就宝贵，他却啰唆了一个半小时才进入正题。无论如何，罗斯福并未同意玻尔的意见，就把他送走了。然后，玻尔向丘吉尔求助，丘吉尔听他讲了半个小时后，生气地向带他进来的查韦尔勋爵问道：“他到底在说什么？政治还是物理？”
其实他两方面都谈了。很多（或许是大多数）科学家们都认为，制造原子弹对全人类来说都要求道德责任。应对希特勒所拥有的炸弹是一回事，应对日本人是另一回事。1945年的日本在物理学理论和科技方面并不先进，所以他们争论说：既然日本人自己不可能制造出这样的武器，美国人就不该用这样的武器攻击他们。这个问题的提出就把政治和物理提升到了科学治国的高度。这种情况史无前例，而且在战争期间，特别是太平洋上正在进行毁灭性空袭期间，思考这类问题确实不是个好时机。亚历山大?萨克斯作为一名使者，比玻尔要强些。他是总统的好朋友，5年前，就是他说服总统启动了这个20亿美元的研究。萨克斯现在和玻尔的意见一致。于是，1944年12月，他去白宫拜访了总统。据说，他与总统谈了很久，内容就不得而知了。罗斯福总统去世后，萨克斯说，总统同意：如果试验成功，就应邀请同盟国和中立国的科学家们共同进行第二次试验，并应就核武器所产生的影响写一份详细的报告，供同盟国和中立国科学家们传阅；迫使敌人撤离指定区域，向敌人展示原子弹的威力，之后给他们最后一次机会，如果还不投降，那就即刻歼灭。
一年后，萨克斯将这份非同寻常的备忘录上交给了新任战争部长罗伯特?帕丁森。但罗斯福并没有在上面签字，而且这次谈话没有任何在场证人。前任战争部长史汀生是罗斯福关于X计划（史汀生总把曼哈顿计划称为X计划）的联络人，但他从未向史汀生提及此事。
