个人主权
穆勒知道，根本要务是在个人主权和与之相争的国家及社会主权之间划出界线来。毕竟，如果实际生活里不划分界限，在这些主权之间作什么区别并无多大意义。穆勒选定的根本分野，是只关系一己与关系到他人的行动之间的分野。在只影响他自己的行动上，个人应该是主权者。别人只有在他们的幸福可能受到个人行动影响的时候，才有正当理由干预他。穆勒认为，对个人行动的集体干预可以采取两种形式：政治(即法律)形式，与社会形式，而且这些干预形式应该针对不同种类的行动而发。有些反社会行为触犯他人的合法权利，构成一般所列的刑事罪，处理这类案子的适当形式，是由国家加以法律上的惩罚。还有大批反社会行为并不侵犯他人权利，穆勒认为纯属社会性的制裁是处治这类行为的适当方法。公开酗酒——穆勒最喜欢的例子——就是最好由公众意见来指责的反社会行为之一。除此以外的所有行为，以及与这些行为相连的意见，都是纯属个人之事。
研究穆勒的学者一直喜欢指出，穆勒的涉己与涉他行动之分不能成立。你可以说手淫是涉己行为的理想例子，强奸是涉他行为的理想例子，但这两例之间的情况呢?(我们甚至可以预想手淫也会影响别人，例如配偶。)穆勒所做的识别并不提供一张一刀切的明白单子，说某些行为永远只是涉己的行为，某些行为明显永远属于涉他行为。他的识别所产生的，是一把分别程度由大而小的尺度，最顶上是强奸，最底下是手淫，诱奸和通奸在中间，其基本精神则是不干预。在涉己与涉他行动之间做一识别，意思并不是问题就此永远解决，不必再辩论国家行动的范围与局限。《论自由》就是要为这辩论贡献一个思考，并建议这辩论应该往什么方向辩。穆勒的推定偏向不干预，除非是明显侵犯他人权利的情况。他做此推定，意思是发生疑义的时候，主张干预的论点必须非常有理，非常有力。
另外一个要点，是必须记住穆勒的论点是针对什么立场而发。穆勒抨击的立场，以其最极端的表现而论，主张不压制观看者眼中认为邪恶的行事或意见是不对的。这种立场的最明显形式是在宗教上：我们不惩罚异端，上帝就会惩罚我们。异端不但侮辱真正的信徒，也冒犯上帝；上帝的意志因此一定是异端应该压制。我们来到世上，是为了履行上帝的意志，所以我们必须扑灭异端，因为只要关系到上帝的意志，我们就别无选择。以19世纪而言，这立场的意思就是激引国家、舆论，或两者一同，来非难舆论、多数意见或当时最方便操控政治权力的任何集团认为邪恶的任何非正统意见。据此观念，某件事情不对，就构成国家对之采取行动的自明理由。穆勒特别要摧陷这种观念。穆勒用心于此，因为他认为，此路一开，国家对其公民行为的干预将无所不至。
由穆勒对国家干预的态度，不难看出自边沁以来，自启蒙政治思想与开明专制相结合以来，功利主义已走了多远。纠正错误，甚至社会性的错误，本身已不足为国家行动的根据。现在，增加人类幸福的善意，或消除人类苦难的善意，只是政府行动的考虑之一。当然，穆勒会说，究极而言，他的论点仍是功利主义论点：太多的国家干预，最后将会消减本来可得的人类幸福总量。前面提过，穆勒认为人的主动自我发展是幸福的一大要素。产生专制主义的政治与社会条件，以及专制产生的政治与社会条件(在此，穆勒祖述孟德斯鸠)，是一切条件中最不利于自我发展的。邪恶而怠惰的专制制度只会产生人民宿命式的默认，仁慈而积极的专制则最多只能产生人民呆滞的知足。在《论代议制政府》(On Representative Government，1861)里，穆勒为传统功利主义的“好政府”定义增加一个重要条件。单说政府应该善尽创造幸福之责，已经不够，政府的行事还必须能鼓励最大程度的民智开发。这其实是一个非常古老的“好政府”条件。柏拉图与亚里士多德用心区别知足与真正的幸福，于此即三致其意。在现代世界，创造幸福的活动只能由代议制政府来提供。大众直接参与政府的时代，在古代共和国式微时已经结束，为数甚巨的现代人只有退求其次，代之以投票选举代表，以及担任非常次要的公职(陪审团，以及任职地方政府)，但越多越好。
