战争爆发时，与日本全面而精良的军事训练相比，中国部队则显得乏善可陈，蒋介石曾因此批评国人。而华中方面军还远非日本最精良的部队，他们年龄偏大，多为30 ～ 40 岁，且因被征召而心存不满。夺取南京这一目标是随着1937 年夏秋两季冲突升级才逐渐形成的。
缺乏外部见证是这场屠杀会爆发的另一个因素。虽然屠杀规模尚不明确，但关于屠杀的报道也透露出了一些信息。《北华捷报》刊发了一篇名为《恐怖南京》的社论表示哀悼：“如果日本夺取每个城市都造成血流成河的惨剧，那么世界将因惊恐和痛心而同仇敌忾。”尽管文字不多，但文章还是给出了一些细节：
在两天里，整个南京一片凄凉，随意的杀戮，大规模的洗劫，以及对私人住宅的肆意侵入，对妇女的侵犯……在日暮后，谁要是被巡逻队在大街上或弄堂里看见，很可能被当场格杀……此间恐怖，难以言表。
就算南京大屠杀事先没有经过周密计划，中日在意识形态上的差别是造成这一悲剧的主要原因。从20 世纪初到20 世纪30 年代，日本的大东亚主义开始变质，日本人的思维被一种发自内心的（若不说是被误导的话）信念所占据，这个信念就是他们有责任去领导包括中国在内的亚洲邻邦，把它们从西方帝国主义手中解脱出来，走上自由之路。而中国则发展出了自己的民族主义思想，将日本看作与西方国家一般无二的侵略者，这与日本人的思想南辕北辙。这种分歧在很大程度上激起了日本军队对受害者的蔑视，也是随后发生的暴行背后的原因。
蒋介石没能及时了解到在南京所发生的惨剧，但被迫离开这座城市依然令他心神不宁。他试图马上投入工作，但仅仅几日，他就被一场高烧击倒了。整整4 天，他不得不卧床休息，虽症状有所消退，他依然表示：“今日寒热已退，但精神未复，卧。”病中，他还一直权衡该如何与日本人、共产党周旋。但关于南京，他在日记中只字未提。至少在1938 年1 月22 日之前，蒋介石没有提及南京。他在这天写道：“倭寇在京之残杀与奸淫未已，彼固陷之深淖进退维谷，而我同胞之痛苦极矣。”蒋介石为什么在此前没有写到大屠杀，甚至在日记中也未提及呢？一名学者指出，这或许是因为蒋介石的手下没有告知他在南京所发生的一切。这的确有可能。
但有时，要承认事实真相是极为困难的，即便是在极为私密的日记中。蒋介石已见识过日本人对待上海的方式，而那时整个世界也都在观望。他知道南京对敌人来说，是一个巨大的诱惑，那他为何还要坚持死守这座城市呢？日本人会如何对待一座不设防的城市，他应该有一些大致的判断。而他又是那位弃首都而逃的领袖，口头上的抵抗是可以理解的。而没有蒋介石，武汉就少了一位重要指挥官。离开南京只是蒋介石被迫做出的众多抉择之一，在战争结束前，他还将被迫做出更多类似的抉择。还有一种可能，蒋介石在这一个月的时间内没有提及南京，只因他不知该如何讲述这出炼狱惨剧。
