在日军占领后的第1个月里，大约共发生了20000起强奸事件。远东国际军事法庭还宣称，大约有2 万名中国平民被当作士兵杀死，另有3 万名战俘被杀，他们的尸体都被扔进河里。从那时起，关于被屠杀人数的确切数字就成了一件备受争议的事情，中国政府坚持是30 万，其他数字从几万到几十万都有。但是，无论怎样的争议都无法掩盖一个事实：日军处于失控状态，对妨碍他们的人实施了疯狂报复，大量平民因此丧命。
南京的无政府状态很清楚地表明，驻南京的日方高层措辞（可能是故意的）与军队的行径有着巨大反差。日本大使馆官员和高级长官一次又一次地宣称他们将平息事态，但街上的强奸和杀戮却仍在继续。当时的日本社会等级制度森严，但在过去的两个世纪里，日本下级人士对否决所谓的上级很有一套。只要他们行动够快，上级就无法质疑他们的行动，至少在公众面前不会如此。简单来说，就是“先斩后奏”或者“斩了不奏”。1931 年，日军对中国东北的占领就没有征得东京政府的同意，但大局已定，政府（尤其是一个自由主义者所领导的政府）也无力谴责。
来自上级的命令在那年12 月的南京如同废纸。费吴生去了日本大使馆，面对无止境的强奸和杀戮，他们也无能为力，这让费吴生失望至极。他写道：“获胜军队一定要获得奖赏，这奖赏便是对这群他们宣称要保护的人肆意抢劫、谋杀、强奸，犯下种种野蛮、粗暴的罪行。在整个现代史上，没有一页如日军在南京的暴行这般黑暗！”不久，事实证明，日本大使馆工作人员的确无力阻止暴行，他们连自己都顾不上。一次，3 个日本外交官询问费吴生能否帮他们在城里找一辆车。还有一次，一名喝醉的日本兵用刺刀威胁两个德国人，正巧被一个路过的日本将领看见，此人赏了那士兵几个“响亮的耳光”，“但我猜所谓惩罚也仅止于此了”。
事情确实在改观，尽管非常缓慢。军队的疯狂逐渐平静，日本人开始想方设法收买民心，而不仅仅是恐吓他们。到1937 年12 月30 日，日本护卫队被派往各国大使馆执勤，而此前，日本士兵时不时地破门而入。到1938 年1 月下旬，肆意的杀戮和强奸事件开始有所减少。程瑞芳写道，难民们开始离开金陵学院，留下“一层层的脏污和尿渍”。那年年初，在日本人的控制下，一个崭新的“市政府”出现了，秩序开始慢慢恢复，食物也更易寻得。
尽管有些迟，但日本人开始尝试给这座城市的民众留下仁慈的印象。就在新年后，来自日本军方的女性拜访了明妮·魏特琳，魏特琳将她们带到程瑞芳那里。程瑞芳“真不要见她们”这些“女鬼”，但她更蔑视同胞的举止：“那3 个女鬼走时拿出几个霉苹果和一点糖，那些中年难民都围着要、抢着要，她们手上拿着几个铜板，难民在她们手上抢，简直把中国人脸都丢完了。我真气死了，我骂他们，华也骂他们，有的难民也骂，这些人简直不要脸，这一点东西值什么，还要叫、还要抢，不是叫人家笑话吗? 这样不值价，也不知日本鬼是他们的什么人，就是饿死也不要吃他的东西，小孩子们要还可以，这样大的人做这种事，这些无知的中国人。中国前途的希望很少，想到那些知识分子做汉奸，而这班都是没有受过教育的，比较有可容的地方。”蒋介石对中国也有类似的感受。民族主义还未发育成形时，在诸如食物和居所这类需求变得越来越紧迫时，怎样鼓动人民奋起反抗？谁应该被判定是汉奸？凭的又是什么依据？
南京慢慢回到了死寂的状态。这是一座被占领的城市，在开春后，暴行仍在延续，但到了2 月中旬，疯狂的杀戮和强奸已经停止。这座城市正冷眼旁观，想瞧瞧日本人又能给这里带来些什么。
