一次，程瑞芳设法从企图强奸的日本兵手下救走一个女孩，那个女孩所在的地方就像学院其他地方一样，地上到处是排泄物。在挣扎中，她的衣服上也沾满了污秽，导致那名日本兵对她的兴致转瞬没了大半。
那个时代的绝望处境使得中国人和外国人都做出了一些在今天看来很难被接受的决定。12 月23 日，程瑞芳看见一个女孩在被几个日本兵轮奸后被抬了回来，伤势严重，连路都走不了。程瑞芳在日记中写道：“将来南京的杂种还不少呢，可恨! 可恨!”第二天，她见一个日本军官带着几名中国人过来找妓女。明妮·魏特琳跟他们达成了一个交易，在圣诞夜，为了保护“良民女子”，她同意日本军官去搜寻妓女。最终，他们找到了21 个。程瑞芳是这样想的，如果妓女们被带出学院，那这些日本兵就不会进来强奸“良民女子”了。这看上去“也有道理”。除了对妓女们做出的不人道行为之外，她所谓的“也有道理”基于一个假设，那就是日本人还不至于到丧心病狂的地步。到圣诞夜时，拉贝家的花园里也有约600 人露宿。拉贝告诉程瑞芳那天是圣诞节，程瑞芳回答说就像“在地狱里过节”。
国际安全区委员会和他们的中国同事站在同一阵线，但他们之间的关系也同样紧张，这或许与那几周歇斯底里的氛围有关。在开始那几天，日本兵一再对房子和大楼进行突击检查，顺走香烟、白酒和食品，甚至学院动物科学实验室里饲养的小鸡也未能幸免于难。程瑞芳苦笑着记录道：“不但拿此地的东西，连国际委员会的酒和香烟也拿去了。国际委员会这次失面子。先前他们怕我军抢，想日军是很好的，开会时总是这样说，现在觉得不对，（日本人）连安全区都不承认。”对许多中国人来说，西方人是盟友，但他们彼此看待时还是带有等级观念，这为他们的关系蒙上了阴影。西方人一直认为日本人比中国人更严谨有序，因此当委员会被日本人巧取豪夺时，程瑞芳却大感欣慰也是可以理解的。
暴行的肆虐似乎没有减弱。就在圣诞节后，日本人搭建了一座展台，号召中国士兵自己站出来坦白，并说如果他们这样做了，就不会伤害他们，但如果以后被发现，他们会被立刻处死。超过200 名中国士兵站了出来，可他们马上就被杀害了。接着再没有人敢站出来坦白了，但日本人依然将那些有嫌疑的年轻男子围住。一些女难民被要求出来指认他们：如果这些男人被认出是她们的亲戚，他们将被释放，而那些“没人认领的将被带走”处死。程瑞芳记录道：“有一个老太太有胆量，出来认了3 个人，其实她不认得他们，她就是要救他们。有一个年轻女子也出来认她的哥哥，回到里面换件衣服又出来认她的亲戚，此人真可佩。”几天后，程瑞芳记述了他的同事魏师傅被从南京下关区带回的消息，她写道：“他拖去的那一天，下关那一带路上没有路走，走在死人身上，他所有看见的事都是惊人，所以他骇死了！”
安全区委员会的成员们在事件的记录上都非常尽责。他们知道，自己是这次重大战争罪行唯一的第三方见证者。他们必须做详细的记录，因为再无其他人能够完成这件事了。事实上，他们中有些人后来被召唤到“东京审判”中作证。尽管没几个中国人有那份魄力记下当时的情景，但所有民众都见证了南京城这恐怖的一幕。战后，在东京开庭的远东国际军事法庭在判决中是这样描述那几周所发生的一切的：
同时，还发生了许多起强奸。中国女性或者试图保护她的家人，只要稍有反抗，就立刻会被杀死。甚至城中大量未成年的女孩和老年妇女，都被强奸。在强奸过程中，还发生了多起变态和虐待行为。许多妇女在强奸后被杀，她们的尸体被烧毁。
