3 天后，费吴生写道：“看见……离总部东边约400 米处的一些泥潭中东倒西歪地躺着50 具尸体……全都是老百姓的。他们的双手被绑在背后，其中一个人头颅的上半部分被完全削掉了，难道他们在练习刺刀？”
费吴生亲眼目睹了那些被怀疑是士兵的平民所遭遇的痛苦。12 月23 日中午，一个人被送到总部。他已经没了半条命，“头被烧得焦黑，眼睛和耳朵都没了，鼻子残缺不全，形象可怖”。这个人说自己是被捆在一起的几百人中的一个，汽油浇在他们身上，然后他们被点着了。程瑞芳看见一些工人为了不被怀疑而剃了光头，但之后他们又追悔莫及，因为光秃秃的脑袋反而令他们更像士兵了。
日本人声称，他们只是在铲除敌军，但这个解释在他们的另一项罪行上却完全行不通——强奸。每天每个小时都有女性被侵犯的事件传来。12 月17 日，拉贝写道：“昨夜约有1000 位女性遭强奸，仅在金陵女子文理学院一处就有100 多个姑娘被强奸，此时此刻，所有的消息全与强奸有关。”两天后，费吴生记录道：“有些房屋一天被闯进5 ～ 10 次，穷苦人民被洗劫，妇女被奸淫，一些人无缘无故被折磨致死。”
明妮·魏特琳的日记详细描述了来到金陵学院寻求庇护的受害者：“又有许多疲惫不堪、神情惊恐的妇女来了，诉说着她们度过的恐怖之夜。日本兵不断去往她们家中，从12 岁的少女到60 岁的老妪都被强奸。丈夫们被迫离开卧室，怀孕的妻子被刺刀剖腹。”与魏特琳一同工作的程瑞芳一次又一次地目睹了南京妇女成为受害者的场景：“我去了南山3 次，然后又去往校园后面，接着又被急呼到教工楼，据说那里有两个日本兵上了楼。我来到楼上538 房间时，看见一个家伙站在门口，另一个正在里面强奸一个姑娘。”有一次，日本兵要求金陵学院报告是否有中国士兵被藏在学院大楼中。当魏特琳告诉他们大楼里没有士兵时，“他们打了我一记耳光，也狠狠打了李先生，并坚持让我们开门”。
程瑞芳还心急于魏特琳没能看清侵略者的本质。12 月底，魏特琳谈到一些被派至学院的日本宪兵时说：“他们似乎是一些清白和守纪律的人，大多数人面相和善。”但程瑞芳有理由怀疑这个评价。12 月21 日，更多日本士兵出现在学院里，程瑞芳写道：“华（此处指魏特琳，其中文名叫华群。——译者注）以为那个长官好，派人来保护，其实他恨，因让他没有面子。虽把外面的姑娘收进来，兵还是来拖，白日晚上都来……昨晚又进来两个兵，拖了两个姑娘在草地上，真是伤心。从前听人讲他们无人道，现在真的实现了。”魏特琳通过向日本领事报告这些事以期后者从中调停，但程瑞芳对这种努力同样感到绝望：“我告诉她，报得越多他们害死的人将越多。”程瑞芳还记录说，若不是城里少数几位美国人和德国人的帮助，更多中国人将是“死路一条”。 12 月20 日，程瑞芳对日本人，对她的美国保护人以及对她的同胞生出的焦虑和怒气再也无法克制：
今日中午，有兵来拖两个姑娘，并拿她们的东西，恰巧有一个长官来参观，华叫他看他的军人做的事，他很难为情的，其实也无所谓，中国人是他的仇人，华不懂这些理。华真忙，不是赶兵就是招待长官，陈斐然前一次骇（害）怕了，这两日不出来，也不知他躲在哪里。我也累得要死，这些难民又不听话，四处都是屎尿，没有下脚的地方，晚上简直不敢走路。程瑞芳补充道：“今日死去一小孩，又添了三个婴孩。一个多礼拜死去三个，一共添了十多个。”几天后，这一想法让她的情绪更加灰暗：“每天都有人生小孩，我管不了，身和心都不安。”她心中烦闷，因她已经两个星期没有洗澡了，部分原因是担心日本兵可能进入洗澡房，另外则是因日本人破坏了学院的发电机，致使天黑后没有灯火照明。在学院躲藏的人甚至不敢点蜡烛，生怕在夜间引起注意和麻烦。有时会出现讽刺意味浓重的情景——环境的污秽反而成了救人的重要因素。
