11 月跨向12 月之际，蒋介石拼死抵抗，企图阻止似乎无法避免的南京沦陷。他电告斯大林，请求其派遣部队前来帮助中国。斯大林以无意在中国发动地面战为由，拒绝了蒋介石的请求。蒋介石也因此对苏维埃政权及与之密切相关的中国共产党越发不信任了。12 月6 日，汪精卫与德国驻华大使陶德曼进行了会谈，期望能与之达成和平协议，但最终失望而归。那一天，蒋介石重新估量了自己的胜数：日军武器装备精良，中国军队劣势明显，南京城内的士气也早就被尽数摧毁。12 月7 日凌晨4 点，蒋介石起床做了一次祷告。5 点，他携夫人乘飞机离开了注定会沦陷的首都。他们先飞往南昌，接着乘船前往庐山。
这次旅程令蒋介石“几欲心碎”。虽然他宣称南京将战斗至最后一刻，但他始终是一个战略家，他的第一本能不是去顾及自己已经放弃的南京，而是去推敲接下来会发生什么。在他的日记中，他思考了制订“战时教育战略”以及“国家动员计划”的必要性。他感到，最重要的是国民党“必须不失去其革命精神”。在他避难的关头，这些反省几乎是一厢情愿的盲目乐观。但这也在一定程度上使蒋介石有了面对横扫中国的种种恐怖场景的勇气。通过对教育或其他社会政策的规划，蒋介石建立起乐观信念，坚信抗战是一项积极的事业，目的在于重建一个新中国，而不是在所向披靡的敌人面前逃跑。
他同时还呼吁“革命精神”，因为他不愿这四个字出自他人之口。如果允许共产党占有一席之地，那么“中国将成为第二个西班牙”。许多西方进步人士热衷于将西班牙与中日战争联系在一起，它们都被认为是进步力量受到守旧派和法西斯攻击的例证。蒋介石的思想在很多方面都接近于佛朗哥，对他来说，西班牙内战展示了共产主义是如何利用国家的分裂趁势夺取领导权的。西班牙内战使蒋介石忧虑不断，在他离开南京时，也从未指望外国势力会进行迅速干预。带着某种先知先觉，他认为中国很可能还要孤独奋战3 年时光。
虽然蒋介石很想将南京的命运抛诸脑后，但他依然无法忘记这座城市。自7 月卢沟桥的枪声响起，蒋介石在华东耗时5 个月试图守护这片土地，这5 个月的每一天都让蒋介石心力交瘁。对于一个将自身与中国的命运联系在一起的男人而言，首都南京是承载他希望和梦想的净土，它的沦陷令他痛心疾首。
12 月14 日上午，蒋介石乘坐一艘征用的游轮前往庐山。在庐山，他发表演讲陈述了撤离南京的理由，之后他又飞赴国民政府军事委员会总部所在地武汉。他满脑子想的都是今后的计划：为那些被迫逃离南京的难民提供救济的方案，军事委员会的一整套重组方案……在蒋介石离开南京之后的那段日子里，他唯一没有在日记中记录的便是身处那座沦陷的首都中的可怜人所遭遇的可怕经历。
唐生智是又一员在军阀混战时期与蒋介石关系复杂的将领。蒋介石撤离时，唐生智主动请缨留守南京与日本人决一死战。唐生智来自湖南，这是一个躁动又富有生机的省份，也是毛泽东的故乡。在20 世纪20 年代，唐生智不止一次改换门庭。他在统一中国的北伐战争中参加了国民革命军，后又转而反对过蒋介石。当然，包括汪精卫以及冯玉祥等其他杰出将领也都有着相同的经历。如今，蒋介石不得不与日本人摆开阵势，麾下将领的忠诚度问题就摆到台前。他将这部分将领摆在那些将经受公众考验的位置上，这样他们的忠诚和作战意愿便一清二楚。蒋介石的作战策略也驱使他将没有受过良好训练的部队派往承担类似保卫南京这样没有胜算的战斗任务。这样做的结果是，中央军精锐部队以及桂系李宗仁的广西军被保存了下来，它们会拿下那些在战争中有可能获胜的战役；而那些不得不面对一场毫无胜算的战斗的将领和士兵，只得用生命博取一个“英雄”的称号。唐生智现在就处于如此境地，他必须完成一个自杀式任务，否则他就会遭受公众谴责、媒体拷问。到了1937 年12 月的第2 周，在留守南京的少数外国人笔下，南京被描述为处于极端反常的氛围中。约翰·拉贝在他12 月8 日的日记中半带讽刺地写道，他现在几乎就是南京的市长，因为真正的市长马超俊在前一天便已离开了这座城市。中国军队仍在不断挖掘战壕，似乎是要誓死捍卫这座城市。《纽约时报》记者窦奠安这样记录道：
