日本统帅部最初并没有打算夺取南京。当战斗打响时，日本人最关心的是巩固其在华北的控制权，而不是攻夺国民党下辖地盘。但蒋介石通过在长江流域开辟新战线以扩大战争的决策，使日本人不得不重新考虑战争计划。日军于1937 年11 月7 日匆忙地成立了一支新部队，名曰“华中方面军”。该军是由之前的日本第十军和上海派遣军合并而成，它的出现反映了战争在该地区快速多变的特点。7 月战争伊始，日本人就希望能一击致命，摧毁中国的抵抗。但战争的升级令他们吃惊不小，转而决定攻防并进。日军第十军于11 月5 日在位于上海南部的杭州湾登陆，这被证明是战争的一个重要转折点，对日本占领上海有着突出贡献。但日军也在战斗中遭受了重创，伤亡人数大大超出了他们的预估，达到42202 人。
实际上，南京从来都不是日本的战略目标。占领上海，日本就等于控制了全中国最大的港口。夺取首都南京只与权力的象征有关，是大和民族对中华民族的一次巨大胜利，可说是纯粹的民族主义目标。然而，日方很清楚，民族主义不利于大东亚未来的发展前景。松井石根将军表示：“除非南京政府改变态度，停止抵抗，否则日军的铁蹄就将继续前进，开往南京、汉口，甚至是陪都重庆。”很多日本将领与松井石根持相同观点。在他们看来，缺乏同情心的欧洲国家只是在一定程度上支持中国，而日本人则将中国的真正利益放在心上：
第一，要迫使南京政府放弃它对欧美的依赖……第二，要纠正中国国民受南京政府的抗日政策影响而产生的误会。要让中国人认识到，日本牺牲自己是为了拯救四万万中国人，我们是中国真正的朋友。
关于国民政府“依赖”欧美的说法是指蒋介石政府于1937 年之前曾试图寻求西方政权的支持以应对日本的威胁。尽管这些西方国家始终不愿提供实质性的帮助，但从广义来说，这也等于宣布中国已开始积极参与诸如国联这样的国际组织，并希望以此解决与他国之间的争端。日本将中国看作自家的后花园，国民党如此举措令它坐立不安。
大部分外国人在初秋便离开了南京，大使馆也遣散了工作人员，公司则将雇员们送回了故乡。留在南京的人中有一位名叫约翰·拉贝的德国商人，他在西门子公司任职。这名德国人发现，10 月中旬时，南京的大部分旅馆、商店以及所有电影院都已关门歇业了。对大多数外国人来说，这是一个信号：是时候离开了。但有这么一小撮外国人，他们决定留下来帮助那些被国民党遗弃的中国老百姓们。拉贝就是其中之一。此外，还有南京大学教授路易斯·斯迈思，金陵女子文理学院教务主任明妮·魏特琳女士，基督教青年会南京分会教长费吴生等。他们决定，一旦日本人攻下南京，他们将建立一个中立的国际安全区，以保护流离失所的中国人。
蒋介石十分赞赏这一设想，甚至提出要补助10 万美元以支持安全区的建设，虽然后来仅仅支付了4 万美元。负责驻守南京最后一道防线的唐生智将军对此也颇为赞赏。唯独日本人无法接受这一做法，他们害怕该安全区会成为中国反抗者们的藏身所在。而后，唐生智公开表示，中国军队将驻扎在该安全区，战壕和防御工事也将围绕着该安全区建设。日本人的担忧成了现实。
到12 月早些时候，上海已然沦陷。蒋介石知道，放弃首都将是一个难以洗刷的耻辱。但他必须撤退，同时又想表明，首都曾发生过一场浴血奋战，守城军队坚持到了最后一刻才寡不敌众。这不仅事关荣誉，也是一场公关。如若无法赢得胜利，那国家就需要一批英雄。
