他晋升得很快，1991年便被调入中央，担任分管财政和金融的副总理。但其实他的专业技能和职责范围远不止于财政部门。正如邓小平当时所说的一样：“朱镕基是唯一懂得经济学的人。”他高超地掌控着中国的经济政策，通过推行货币紧缩政策和特别针对农产品的价格管控解决了1993~1994年严重的通货膨胀问题；将中央银行改组为类似美国联邦储备局的多分部的结构（朱镕基在1993~1995年兼任中国人民银行行长）；并积极推动国有企业改制。基于以上这些甚至更多的政绩，他在1998年被当选国务院总理。
朱镕基可谓是临危上任，正是在亚洲金融危机肆虐时接管了中国政府事务和经济。他是一位坦率直爽、有进取心又拥有战略思想的领导人。1998年3月，朱镕基在他作为国务院总理的第一次记者招待会上提出本届政府的要务，概括起来就是“一个确保、三个到位、五项改革”。
“一个确保”是指确保中国能够应对亚洲金融危机并努力走出困境，避免正在困扰亚洲其他国家的经济衰退和货币贬值现象的发生。后被称为“朱镕基的三个许诺”的“三个到位”是指恢复国有企业的盈利能力、以清除银行坏账为首要目标的金融系统改革，以及政府机构改革重组。“五项改革”是指进行粮食流通体制、投资融资体制、住房制度、医疗制度和财政税收制度的改革。朱镕基通过在国际资本市场出售股权而进行国有企业所有制改革和清理银行系统中的坏账，实现了前两项承诺，但他没有能够完全整顿好臃肿而腐败的政府机构。
事实证明了朱镕基带领中国顺利度过亚洲金融危机的能力。他将国家的过剩储蓄投入积极的财政刺激当中，主要用于加快对公路、铁路、港湾设施和电力这些基础设施的建设。当其他亚洲国家接受IMF的建议而对货币进行贬值时，朱镕基始终坚守人民币的币值稳定。也正因为如此，中国经济相对而言并没有在这次严重的区域经济危机中受到太多伤害。到了21世纪初，这场严重的灾难才尘埃落定，而中国逐渐接替日本成为亚洲的主导经济体。确保经济增长对于避免在亚洲金融危机中走下坡路以及让中国领导人对新的经济战略充满信心都非常关键。这可以说为之后的经济增长开了一个好头，而这招在随后的数年中数次派上了用场。我们看到，朱镕基就像一位大师一般，但如同格林斯潘大师一样，朱镕基仅仅关注了短期效益，却忽略了长期损失。
朱镕基也会谨慎地冒险行事，就以国有企业改革为最好的范例：他清楚地知道在从国有企业转化到由中央政府持控股权，但很大一部分少数股权在外上市的一种混合体制的过程中存在着固有的利益冲突。尽管国际投资者和党内负责国有企业资产的官员之间关系紧张，朱镕基还是推行了国有企业改革。他认为市场约束对减轻权力膨胀和减少造成国有企业效率低下的集权是必不可少的。
与此同时，在具有重要战略意义的电信、交通以及能源（燃料和电力）领域，政府仍保持绝对控制。朱镕基在“抓大放小”的改革策略下权衡着市场基础效率和国家控制体系的利弊，最后形成了一种具有中国特色的特殊的混合体制，也就是后来人们所说的“有中国特色的社会主义市场经济”。
