各地方铁路公司根据效益最大化兼顾地方公益性的原则和地方铁路公司独立运营的原则进行资产优化，国铁对地方铁路公司的股权可以增持也可以减持，甚至可以全部退出。
保留网运分离的中铁集装箱运输公司、中铁特货运输公司、中铁行包快递公司，积极鼓励民间资本组织各具特色的货物运输公司、旅客运输公司（如适合旅游的东方快车）。区域性公司根据法律法规和政府准入应允许上述公司上线运营，并收取合理的线路使用费、不得歧视。
大力发展铁路装备（以机车车辆等移动装备为主）租赁业务。对比中国铁路装备租赁业务远远落后于欧美国家的情况，政府鼓励各种所有制的铁路融资租赁公司进入中国铁路市场，为民间资本进入铁路业务创建平台，为铁路投资增添新的形式。租赁业务进入铁路可以增量进入，也可存量进入。存量进入即将现有资产出售给租赁公司，租赁公司再租给铁路公司，这一方式的优点是铁路公司可以将变现的资金还贷，从而快速降低负债率，民间资金也可快速进入铁路市场。
各铁路公司之间的所有业务均以合同方式确定，必要时政府相关部门予以协调。
创新中国铁路投融资体制，积极为各类铁路公司（母公司或子公司）创造条件并改造成股份公司，符合条件的应力争上市。要制定时间表限定北方铁路集团公司、南方铁路集团公司、中国高铁集团公司以及各类大大小小的铁路公司进行公司制改造，并创造条件上市。上市融到的资金用于铁路的再发展。
在现有中国铁路建设投资公司的基础上成立中国铁路投资公司（中铁投），在铁路运输企业的重组过程中，将部分股权划拨给中铁投。同时，国家向中铁投注入1 000亿元资本金。中铁投向拟上市的运输企业在资本一级市场、二级市场注入资金，利用资本的流动获得资本收益。中铁投的股权收益和股权交易收益再投资到中国铁路新的建设项目和铁路公司新的业务。
最终，中国铁路重组为7大公司，包括3大区域性铁路公司，北方铁路集团公司、南方铁路集团公司和中国高铁集团公司；3大专业性公司，中铁集装箱公司、中铁特货运输公司和中铁行包快递公司，以及中国铁路投资公司。
铁路的事业单位主要有铁路经济规划研究院和铁道科学研究院，按国家事业单位改革要求，从政府部门脱钩，但业务由交通运输部指导。
第三，现代企业制度构建。重组后的各类铁路公司均以中国的《公司法》重新进行登记注册，按照《公司法》的要求建立规范的法人治理结构。新注册的公司享有《公司法》规定的包括企业法人享有的公司财产权等各项权利和义务。
