清水跟李大钊用日语交谈。李大钊的日语虽然不像鲁迅那样流畅，倒是都明白。跟李夫人说话，清水则用中文。夫人是李大钊10岁时奉父母之命娶的童养媳，年长李大钊6岁，是一个很普通的女性。在清水眼里，李大钊是一个像日本乡下的村长一样平凡可亲的人。“他静静地说着话，不是那种双目炯炯、慷慨激昂的类型。即使谈左翼的话题，他也绝不激动。他不会让对方感到紧张，相反，是一个能让人松弛的、什么都能聊得来的人。”所以清水不仅自己再三再四造访，有时还带朋友一块儿过去，引荐给李大钊，如政治家鹤见佑辅和一桥大学教授、经济学者福田德三等。
有两个细节令清水安三记忆犹新。一是李大钊甚喜日本的吃食，尤其是和果子（一种日本甜点）和日式馒头，经常从东单的日本店里购买。偶尔清水也买些日本食品作为礼物带去，深得主人欢心。二是李大钊的阅读量之大令人吃惊。罗素访问中国时，清水只读过其《自由之路》、《形而上学》和《哲学问题》等三部著作，李大钊却把其所有的著作都读过一遍，而彼时很多书根本未译成日文。李大钊还用英文读了布尔什维主义的理论。“他固然是读书家，但与其说是学者，不如说是活动家一类的人物，具有能让青年献出生命的人格魅力。”
清水与李大钊相识相知多年，私交莫逆。李大钊爱读日文书报，常从东单三条附近面向日本人的东亚书局购书，可那里毕竟店小品种少，殊难满足需要，有时便托清水从东京的书店订购。清水曾自掏腰包为李大钊从日本订阅过界利彦主办的左翼报纸《平民新闻》。共产主义者、前日共委员长佐野学 从日本流亡到北京时，起初由中江丑吉照应，但旋即便难以藏身，清水托李大钊帮忙，李大钊遂安排佐野经天津逃往苏联。佐野从北京站出发的那天，李大钊特意派一个青年送行到天津。那青年身材颀长，穿着硬撅撅而又肥肥大大的衣服。多年后，清水听说当年在李大钊的斡旋下，毛泽东曾在北大图书馆工作的事情，不禁突发奇想，觉得那青年有可能就是毛泽东，不过似乎时间不甚一致。
1924年，清水赴美留学，行前去向李大钊告别。李大钊托他在美国搜集些宣传共产主义的小册子，大概由于若是书的话，可以订购，而这种小册子是非卖品，在中国很难弄到的缘故吧。刚好京都的西阵教会有两名牧师先期留美，其中一位叫浅野的，在芝加哥转向为共产主义者，于是便托这位浅野牧师搜集了一批，然后再由清水设法寄给李大钊。清水后来回忆说，不承想赴美学神学的自己，为了友情，竟“僭越”至此。
两年后，清水从美国再次回到中国，正值国民革命开始北伐，因作为《读卖新闻》、《北京周报》的特派员南下，而错过了与李大钊重逢的机会。1927年3月初，清水曾致信李大钊，力陈藏身东交民巷苏联大使馆之不靠谱，劝其南下，但他很可能未收到此信。
清水回到北京，便接到了李大钊惨死的噩耗，心如刀绞。“是夜，我无论如何无法入眠，往日的会面历历在目，不禁失声号泣。德国学者阿道夫·哈纳克说，只要翻开历史，便可见文化的街头必立着鲜血淋漓的殉教者的墓碑……”李大钊牺牲两周后的5月8日，清水在《北京周报》上发表了《李大钊之死—其思与人》一文，痛悼亡友。
