广州起义失败·逃离香港
照相馆密谈后不久，梅屋庄吉与孙中山便进入了第一个“项目”的合作：广州起义。庄吉多次随孙中山一道赴穗考察，和以往有过贸易来往的中国人及黑社会的头目接触，秘密推进起义计划。
为确保起义成功，须采购大量武器。孙中山内心很清楚日本政府对自己所持的暧昧立场—既不得罪清廷，又觊觎革命胜利后的特殊利权，对革命派暗通款曲—他自己也有意利用这一点。他多次赴日本驻香港领事馆，拜访中川恒次郎领事，并当面委托他代为筹措步枪2.5万支、手枪1 000支。为牵制清廷，中川也有心援手，便向当时的外务省通商局长原敬（后成为首相）做了汇报，但日本政府却采取静观立场，按兵不动。眼看起义日程迫近，梅屋庄吉多方奔走，派人到澳门、厦门、新加坡等地活动，通过个人渠道筹集了数百支手枪。但遗憾的是，因电报走岔，泄露风声，起义受挫。香港的后援部队在广州港口被一网打尽，陆皓东、朱贵全等起义领袖遭处刑，梅屋庄吉费尽心血筹集来的600支手枪也被悉数收缴。孙中山化装成苦力，好歹从水路逃往澳门，随后转道香港，却被清政府悬赏1 000块大洋追捕，情况危急。
恩师康德黎博士和梅屋庄吉力劝孙中山去日本避难。孙中山听从二人劝告，在兴中会成员郑士良、陈少白等的陪同下，乘船赴神户。途中他们得知报上已经报道了他们逃亡的消息，遂临时决定改道横滨。但首鼠两端的日本政府顾及与清廷的关系，竟然拒绝了孙中山的避难请求。
无奈之下，孙中山只得投奔兄长孙眉所在的夏威夷。为表达将革命进行到底的信念，孙中山毅然剪去发辫。庄吉在孙中山出发之际，汇款1 300美元，按当时的汇率计算，约折合今天的1 000万日元。
明治维新以降，“脱亚入欧”思想渗透日本人骨髓，已固化为某种意识形态。但梅屋庄吉作为“大亚洲主义者”，却逆潮流而动，不仅对中国，对亚洲各国的独立革命运动也抱有深切同情，给予莫大关注，并倾力资助。美西战争时，庄吉曾亲自携巨款驰援菲律宾，与菲国独立运动领袖阿奎纳多、彭塞交情深厚，还把孙中山介绍给彭塞。孙中山致信彭塞，从“大亚洲主义”的立场出发，高度评价菲律宾革命，主张“中国革命和菲律宾革命都是亚洲民众携手打倒列强的殖民侵略、争取民族独立富强的运动，具有相同的意义”。
梅屋庄吉为人慷慨豪爽，极其看重友情，有种日本武士道所尊崇的“洁”（Isagiyoshi）的气质。“梅屋写真馆”很快成了一个革命据点，往来进出者，多为兴中会成员或日本浪人、革命志士，可谓“往来无白丁，谈笑皆暴动”。由于活动日益频密，照相馆终于引来了清廷的“关照”。加上有日本叛徒告密，说梅屋是“革命的幕后策划者”，清政府要逮捕梅屋。
梅屋夫妇听到风声，火速做好了逃亡的准备。为避免打草惊蛇，表面上照相馆仍维持正常营业。关键时刻，平时对兴中会成员的帮助起了作用，从办理出境手续到乘船出逃，处处有朋友暗中援手。1904年5月，梅屋夫妇顺利抵达新加坡。
