尽管如此，乔纳森还是承认，如果没有乔布斯，他不可能拥有现在的一切。他说：“在许多其他的公司里，伟大的想法和设计往往在创作过程中就迷失了。如果不是乔布斯一直支持着我们，跟我们一起工作，冲破层层阻力让我们的想法变成产品，那么我和整个团队的想法就完全没有意义，也没有用武之地。”3
2011年，在乔布斯休假期间（结果这成了他最后一个假期），大量的新闻报道声称乔纳森威胁说要在股票交易3年期满之际离开苹果公司。据报道称，乔纳森和他的妻子想让他们的双胞胎儿子回英国接受教育。英国的《卫报》发表了一篇关于乔纳森即将离职的新闻报道，题为“苹果公司最糟糕的噩梦”；4伦敦的《星期日泰晤士报》也发表了一篇文章，说乔纳森想从库比蒂诺回到英国萨默赛特的家，原因是与苹果公司不和。一篇报道暗示乔纳森经常在英国和加利福尼亚州之间往返。5
“威胁”这个词用得很准确，因为乔纳森并没有真正辞职。根据英国新闻报道中所引用的一位未透露姓名的朋友所言，乔纳森“对于苹果公司来说太重要了，他们明确地告诉他，如果他重返英国，公司不会为他保留职位。”据报道，为了巩固乔纳森和苹果的联系，公司给了他3 000万美元的奖金，另外给了他市值2 500万美元的股票。据估算，乔纳森那时候的个人资产约为1.3亿美元。
现在回想起来，事实上乔纳森并没有离开苹果公司的打算。他卖了位于萨默赛特的别墅，这栋别墅虽然离父母家很近，但是他很少去住。乔纳森表现得比以往任何时候都更忠于苹果公司。乔纳森经常接到其他公司和猎头的电话，为他提供很有诱惑力的机会，邀请他设计各类产品，从汽车到鞋子。但是对于他离开苹果公司的问题，他断然否认。他说：“问题在于，就算你可以把我和整个设计团队移到另一个地方，我们也无法正常工作。”6
2011年8月24日，苹果公司宣布史蒂夫·乔布斯辞去CEO一职，但将继续担任公司的董事长。蒂姆·库克正式接手公司的日常运营工作。
这一新闻本不应该让人们意外，但人们对此还是很吃惊。从1月份开始，乔布斯就一直在休病假，而且显然病得很重，在那一年仅有的几次公开露面中，他看上去特别憔悴。但是，即使面临着这样严峻的现实，大家还是难以想象苹果公司没有乔布斯会是什么样子。
许多权威人士都对此进行了权衡，他们认为更应该由乔纳森来接任公司CEO一职。因为他具有很好的公众形象（而库克并不具备）：这一方面是由于他经常出现在各种宣传视频中，另一方面是由于他获得了各类设计大奖。但是，几乎没有一个苹果公司的观察员会认为他将成为公司的下一任CEO——甚至就连他自己也从来没有这样想过。正如一位乔纳森设计团队的前成员在谈起乔纳森接任CEO一事时说的那样，“乔纳森根本不关心如何去经营一家公司”。他解释道，乔纳森对于苹果的商业经营活动根本不感兴趣，正如之前在橘子设计公司一样，他很讨厌商业活动。这位设计师总结道：“他只想将精力集中在工业设计上。”
