镰仓幕府早期有两个杰出的宗教天才人物，他们都在自己的内心体验过佛教净土宗的真谛。法然大概是第一个提出唱念阿弥陀佛的名字就可以得拯救的人，他认为只是信仰，而不是教事或仪式在起作用。这些主张与旧的佛教派别相冲突，标志着一个完全不同的教派——净土宗的出现。法然之后是亲鸾（1173—1262），他创立了另一个教派，教导人们在颂扬阿弥陀佛的时候只要诚心祈祷一次就可以得救（一念净信，往生成佛）。但是诚心信仰只是佛祖给予的礼物而非由个人的努力所能获得的。亲鸾认为傲慢是净化心灵的阻碍。他有以下名言：“连善人都往生净土，恶人更不在话下。”亲鸾的说法是坏人更不可能认为自身为自己得救赎的本源，因此他们更倾向于全心全意信仰阿弥陀佛。
亲鸾强调信仰本身的力量，这让他打破了以前佛教的许多戒律：他吃肉，娶了一个尼姑（由此可见，净土宗的僧侣可以结婚），主张只要心诚，不同职业的人可以平等地往生天国。被逐出京都后，他周游日本，建立了“净土真宗”（16世纪耶稣会会士来到日本的时候，称这个教派为“撒旦的基督教”）。
由于亲鸾之后一些著名人物的宣扬，以及简单的教义和对信仰的依赖，净土宗成为日本居统治地位的佛教门派，直至今天依然如此。除了比睿山的天台宗之外，它同时还是日本中世纪唯一一个发展出政治和军事力量的教派。作为一种宗教信仰，它认为一个强大的教会可以保护尘世中那些得到拯救的人们。15世纪，由于农民部分实现军事化，一些信仰净土宗的村子就建立了自卫组织，他们偶尔会反抗封建领主。例如，净土宗的军队曾统治加贺国超过一个世纪。到了16世纪晚期，这些团体被消灭，净土宗也被去政治化了。
第二个虔诚教派是日莲（1222—1282）建立的，他认为《妙法莲华经》能够完美地体现佛陀的学说。他教导他的追随者反复吟唱“南无妙法莲华经”，通常还要伴着疾速的鼓声。就好像净土宗反复念的“南无阿弥陀佛”和世界上其他宗教里类似的口头咒语一样，诵经会引发一种宗教上的狂喜的状态。“实现内在精神的转换”是祷告派和冥想派的共同目标。作为一个佛教徒，日莲以他的不宽容和民族主义著称。他谴责同时代的敌对教派的种种罪恶，并宣称只有他的教派才能保佑日本。他预言了蒙古入侵，还将沉没蒙古舰队的“神风”归功于自己。甚至他的法号“日莲”或“日之莲花”也结合了日本国名中“冉冉升起的太阳”这一寓意和莲花这一佛教的标志。
禅宗
很早以前“冥想”就是日本僧侣修行的一部分。1200年前后几十年，从中国宋朝学习归来的僧侣将禅宗的教义和新的冥想方法传入日本。1191年荣西（1141—1215）带回了临济宗的教义，1227年道元（1200—1253）带回曹洞宗的教义。镰仓幕府的北氏统治者和京都的足利统治者，都曾光顾过临济宗护国禅寺。道元则在远离政治中心的日本西海岸创立了他的教派。
