任何基于契约精神建立的社会都会面临这样一个问题：如何保证世世代代的忠诚。尽管北条氏篡夺了源氏的政权，但在1221年的时候，镰仓的御家人仍然为北条氏而战，说明他们的忠诚已经变成制度性的，他们忠于“能保证他们从土地上获得收入的幕府”，对源氏个人的忠诚已经随着源赖朝的去世而终结。
另一个针对镰仓幕府的挑战发生于1266年，当时蒙古的征服者忽必烈可汗派来使节要求日本臣服于他的统治。忽必烈已经于1258年征服了朝鲜，大军的目光复越过对马海峡寻求对外扩张。朝廷十分恐惧，但镰仓的北条氏拒绝了忽必烈的要求。第一次蒙古入侵舰队载着3万大军于1274年到达日本，糟糕的天气迫使他们在取得最初的胜利后撤了回去。蒙古方面再次派来使节，这次他们被砍了头。1281年，也就是忽必烈彻底征服中国南部两年以后，蒙古军队再次来到日本。根据当时的记录，忽必烈调动了14万军队（这个数字有点夸张），这场海陆两栖军事行动达到了前所未有的规模。士兵们拿着盾牌在前面组成盾墙，后面紧跟着火药、炸弹和弓箭手的方阵，蒙古军队来势汹汹，令人畏惧。
凶狠的日式单人格斗技术并不足以御敌。日本人沿着九州岛西北部博多湾曲折的海岸，垒起了石墙拖延蒙古军队，两个月后一股“神风”使蒙古舰队沉海，并迫使其余军队撤离。1294年，第三次远征的准备工作也随着忽必烈的去世而不了了之。今天在博多海滩上还可以看到坍塌的石墙遗迹。
抵抗蒙古军队的重担落在了九州岛的镰仓幕府御家人身上，其他武士在军事长官的命令下也被调动起来加入战斗。与1221年不同，参与战斗的人并没有获得胜利的奖赏，不满渐渐积聚，甚至寺院和神社也要求赏赐，宣称正是他们的祈祷引来了神风。
武家社会中的女人们
源赖朝的遗孀“尼将军”，是日本历史上诸多重要女人中的一员。这些女人发挥各种各样的作用。尽管历史学家不再谈起早期的母系社会，但是不可否认，日本神话的中心人物是统治高天原的天照大神。弥生晚期的统治者女巫卑弥呼也许并不是特例。在卑弥呼之后出现的是7世纪的持统天皇及其众人，紧随其后的紫式部和清少纳言是平安中期最伟大的作家。
尽管中世纪日本只出现一名女性统治者“尼将军”，但武士家族出生的女儿和儿子一样接受箭术及其他军事技能的训练。女子可以继承一部分家族庄园，可以拥有自己的财产，还可以继承地头的职位。只要社会秩序稳定，女性相对来说能过上不错的生活。但是到了14世纪，战争越来越频繁，女性的地位开始下降。到了15世纪，战乱不断，她们的地位更是直线下降。武士的封地变得非常重要——这是他们为领主战斗获得的奖赏，也是领主让他们继续服役的保障。为了保护封地，子女均可以继承家产的继承制被取代，遗产只能由最能干的男性后裔继承。
