1986年，霍多尔科夫斯基的婚姻出现了问题。当时他是苏联共青团高级干部，负责审核门捷列夫化工学院的招聘工作。一位名叫因娜的年轻美貌的姑娘来应聘实验室助手职位，结果她被招聘到苏联共青团办公室，和他一起工作。两年之后，这两人便结了婚。第二位霍多尔科夫斯基夫人为他养育了三个孩子，并陪同丈夫踏上寻求财富与权力的梦幻之旅。然而，当风光不再，荣华富贵一去不复返之后，她唯有在家中苦苦等候丈夫从西伯利亚劳改营归来。
1987年，霍多尔科夫斯基在咖啡馆经营成功之后，又开始着手下一个商业目标：建立教育合作社。这次，他利用的是戈尔巴乔夫新颁布的关于经济改革自由化的条款。该项条款允许国立大学或学院在自己的专业领域内建立研究和发展中心，以促进科学发展。此外，作为激励条件，可以允许新成立的组织运用专业知识服务社会、获取利润。霍多尔科夫斯基很快觉察到了立法机构所赐予的商机。他放弃了门捷列夫化工学院的硕士学业，并减少了在苏联共青团所承担的工作事务，着手建立一个名称颇为大气的“跨行业科技进步中心”，该中心的俄文首字母缩写为梅那切普（Menatap）。对于霍多尔科夫斯基而言，这是他的首次巨大突破。
以扶助科学研究的名义，梅那切普为国有企业和政府部门提供计算机编程服务，这些企业和部门的信息技术网络当时还处于萌芽状态。门捷列夫化工学院年轻的科学家具备这一市场所需的技术能力，而霍多尔科夫斯基拥有经营企业的理念，梅那切普能够将他们的优势发挥得淋漓尽致。梅那切普的服务质量上乘，收费颇高，因此盈利相当可观。由于信息技术专家奇缺，加之政府保障其网络运行的专业人员不足，梅那切普的服务供不应求。到了1987年，为给公司招募更多的编程员，霍多尔科夫斯基在一家科学杂志上打出了招聘广告。当时前来应聘的三位年轻人，后来成为与霍多尔科夫斯基共同创业的终身商业伙伴和朋友。在后苏联时代，他们创建了最辉煌的商业帝国。
