在“九九八十一难”中，作者试图写尽人的社会中各种苦难的形成、原因，以及征服的方式，有用心计伎俩，有用武力解决，也有通过求助天兵天将、观音菩萨，或咨询当地土地爷，反正是除了发挥主观能动性，就是借助外力。在这诸多苦难之中，一部分苦难来自上天小动物下凡变成妖孽作怪一方，这是寓意天庭权力（封建皇权），权力人物身边的小走卒、小宠物都能对庶民社会产生巨大的影响力。“妖孽”多来自天庭，来自天庭的过失与管理疏漏，而人间诸多苦难也来自对功名利禄的无限追求。
分析《西游记》后三回，我们可充分看到作者对自己思考、追求的一个圆满的答案与结局。第九十八回的标题为：“猿熟马驯言脱壳，功成行满见真如”。什么是“猿熟马驯”？这是对应全书伊始：“心猿意马”而说，没有皈依灵魂的心灵是一匹野马，而历经苦难之后的心灵与思想却是“成熟的”，所以才有了功德圆满，才得见“真如”！
诗曰如此：
功满行完宜沐浴，炼驯本性合天真。
千辛万苦今方息，九戎三皈始自新。
魔尽果然登佛地，灾消故得见沙门。
洗尘涤垢全无染，反本还原不坏身。
当师徒一行坐佛祖无底之船时，那佛祖轻轻用力撑开，只见上溜头泱下一个死尸。长老见了大惊。行者笑道：师傅莫怕，那个原来是你；八戒也道：是你，是你；沙僧拍着手也道：是你，是你；那撑船的打着号子，也说：那是你，可贺，可贺！师傅俗身已死，“脱却胎胞骨肉身，相亲相爱是元神。今朝行满方成佛，洗净当年六六尘。”师傅超度了灵魂，悟空也说：“我等亏师傅解脱，借门路修功，幸成了正果，师傅也赖我保护，秉教伽持，喜脱了凡胎。”这说尽了思想与灵魂的关系！
最终他们“念念在心求正果，今朝始得见如来”。如来“大发慈悲之心”，对三藏说了一席话，这一席话是对当时中国社会整体状况的宏观加微观的分析：
你那东土乃南赡部洲，只因天高地厚，物广人稠，多贪多杀，多淫多诳，多欺多诈；不遵佛教，不向善缘，不敬三光，不重五谷，不忠不孝，不义不仁，瞒心昧己，大计小秤，害命杀牲：造下无边之孽，罪盈恶满，致有地狱之灾，所以永堕幽冥，受那许多碓捣磨舂之苦，变化畜类。有那许多披毛顶角之形，将身还债，将肉饲人。……
