人选名单出炉后，不满者不在少数。首先是湖北首义派，他们在总、次长的18人大名单中竟无一人上榜，这未免有些说不过去。陕西革命党人、《民立报》的主持者于右任曾向黄兴提醒，名单酝酿时应考虑容纳武昌首义的革命同志，但“首义派”最终还是颗粒无收。
从潜意识说，这恐怕与名单主拟人黄兴在武昌的不愉快经历相关。黄兴的用人有私心，谭人凤也曾责怪说：“其于同辈中能力胜己者，虽明知而不愿用。以故南政府之组织，如宋教仁者则仅以法制局敷衍之，而汤化龙、汤芗铭、刘冠雄辈反特邀拔擢。”
事实上，孙武曾前来欲任陆军次长一职，但已任陆军总长的黄兴显然不想用他做副手，孙武最终失望而去。张振武对南京临时政府也极其不满，每次见面，张都要撸起袖子、挥动胳膊，嚷嚷着说黄兴办事不公平。名单公布后，张振武更是在报纸上公开辱骂：“你们这些人碌碌无为，依靠别人成功了，权力却都被你们拿去了！”由此，湖北首义派走上了与同盟会相对立的道路。
至于财政总长，黄兴原主张用名声在外的同乡熊希龄，但孙中山坚持用留美博士陈锦涛[13]。外交总长的人选也争议颇大，按说应由南方议和代表伍廷芳出任，但孙中山最终选择了王宠惠。王宠惠、伍廷芳两人都是法学博士出身，但王宠惠年仅31岁，资历、经验远不如伍廷芳。为此，王宠惠最初不敢受命，但孙中山却给他打气：“吾人正当破除所谓官僚资格，外交问题吾自决之，勿怯也。”
伍廷芳的反应倒还算豁达：“予视两者（指外交与司法总长职位）无甚差异，无所好亦无所恶。”但数年后，伍廷芳却隐约表达了自己的积怨，称孙中山当年任用留学生“不加甄别”，“委以总次长之要津，或专成之重寄。”
胡汉民自传中说，孙中山回国前，宋教仁有意推黄兴为大总统而自任内阁总理，章炳麟也为之公开造势：若举总统，以功则黄兴，以才则宋教仁，以德则汪精卫。在这次的表决中，宋教仁落选的原因有二：一则年少，二则太坚持原则。为实行内阁制的主张，他不但与孙中山吵，而且与临时参议员们吵，由此受人恶感，被否并不奇怪。
至于另一个被否的老革命党章太炎，他可就要发飙了。章太炎原本就脾气怪异，经常做出些匪夷所思的出格事。这次的革命，他上蹿下跳，活跃异常，结果却什么也没捞着，那当然不干了。两个月后，南京的川籍革命党人举行四川革命烈士悼念会，人在上海的章太炎居然不辞辛苦地送来一幅极刺耳的挽联：“群盗鼠窃狗偷，死者不瞑目；此地虎踞龙盘，古人之虚言”。此骂非无所指，堪称毒矣。
