以袁世凯的用意，他未必对清廷有所好感并有意扶持，但袁毕竟不是新派人物，而且讲究实用。在他看来，清廷固然无药可救，但作为一种政治象征加以保留也未尝不可，毕竟中国有着两千多年的帝制传统，其历史惯性不容忽视；而且，在仿造英国“虚君共和”的君主立宪体制下，对减少国内动荡并维护国家统一也是利多于弊，至少比新造一个共和的成本更低，也更容易操作（譬如满蒙问题，譬如军阀割据之风险）。但是，南方革命党在共和问题上的决绝态度令袁世凯无所适从，退而求其次的方法只能是“以国民会议议决国体问题”，因为如此一来，袁世凯既可以避免欺凌“孤儿寡母”之讥，同时也为清廷倒台提供了台阶。
就法理而言，“以国民会议议决国体问题”的做法虽然在操作上会出现种种困难与变数，但如果得以顺利实施的话，应该说更加符合“民主”的要义，并且遵从了程序的价值。但事与愿违，程序价值最终败在了政治权术的算计之下。袁世凯精心设计的这一中间方法亦无从实施，南方“另立中央”的既定事实令其回旋余地减无可减，而在当时“战既无饷，和又无策”的局势下，袁世凯也只能与南方继续周旋下去，以求最终的解决之道。
之后的时间里，南北双方函电交驰，相互指责，不亦乐乎。表面上看，和谈已完全破裂，但实则不然。在张謇等立宪派及外国公使们的斡旋下，双方的秘密谈判仍在持续进行，即便已辞职的唐绍仪，当时也仍旧留在上海。在反复争辩与谈判后，双方最终在一桩幕后的交易上达成默契，那就是：牺牲清廷并由袁世凯迫使清帝退位，在全国归于共和后，孙中山将临时大总统让于袁世凯，由袁世凯出面组织民国政府。而这，也是当时中外各方所能接受的最佳方案。
1月中旬，南北双方关于清帝退位优待条件、总统职位由袁继任等要件基本谈妥。1月16日，消息灵通的莫理循在写给主编布拉姆的信中不无兴奋地透露，清帝极有可能在最近的一两日中宣布退位。很显然，这个消息是从袁世凯的机要秘书那里获得的（很可能就是蔡廷干）。
莫理循特别提及，就在他写信时，袁世凯正在入宫觐见，他此行的目的是力促清帝退位以换取优待条件。但就在袁世凯退朝回家、行至东华门丁字街三义茶馆门口的路上，袁世凯的马车遭到了北方革命党人突然的炸弹袭击，其中共炸死卫士6人[12]、平民2人。
在这次惊心动魄的暗杀行动中，袁世凯车驾之马当场被炸毙，从骑也被炸死，袁世凯本人则被炸弹冲击波震出马车。在硝烟弥漫的危急时刻，一名革命党冲上前来，正要持枪射击时，袁世凯的贴身卫士反应迅速，在将袁世凯扶上马的同时，又一枪命中该革命党的前额，最终令袁世凯侥幸逃脱。之后，那些刺客们多在被捕后迅速被处决。
