会后，章太炎私下以“败军之将不能表率政府”为由致电浙军司令朱瑞，劝其反对。钱基博（即著名学者、作家钱锺书之父--笔者注）在《辛亥南北议和别记》中就说，江浙联军的将领们听说黄兴被推为大元帅，不禁一片哗然，都说黄兴乃弃武汉不守的败将，怎能指挥我们这样的胜利之师？在这些人眼中，黄兴“为人轻锐多智数，敢为大言”，虽然能获得大家的信任，但不知如何领导、指挥，敢于发难却不知如何运作，只不过是“作乱之才，而非戡乱之才”。更有人讥讽黄兴“无役不为所指挥，而无役不败”，实为每败必逃的“长腿将军”。
黄兴为人，一向忍辱负重，性格谦抑，不以个人名利为追求，虽然历次起义均告失败，但黄兴毕竟不是军事专业人士出身，所指挥的起义军也大多为江湖会党、散兵游勇，纪律性和战斗力均大成问题。退一步说，黄兴被委以指挥之任后，每役必亲临一线，勇气可嘉，江浙方面责之以“长腿将军”，未免过苛。黄兴本人离开武昌后情绪也一直非常低落，但他抵达上海时，陈其美等人仍给予了盛大的欢迎，并有意推举他为革命领袖。
鉴于部分“江浙联军”将领的反对，黄兴在被推为大元帅后一再力辞不就。他先是推举黎元洪，之后又称“孙中山将次回国，可当此任”，会议开了两个多小时仍无结果。这时，某代表奋起发言，其大意是：有开会这段时间，清廷所购买的军械经西伯利亚铁路也已通过两百余里，北洋军经京汉铁路进兵也近百余里，如今军务倥偬，时间异常宝贵，大家还在这里推来让去，革命大业，如何得了！经各方敦促，黄兴这才答应暂时勉任。
随后，陈其美与留沪代表分别复电黎元洪及湖北方面，称公举黄兴为“假定大元帅”、黎元洪为“假定副元帅”乃从权议决，务乞鉴谅，并请赴鄂各省代表速来上海开会。
得知黄兴被推为大元帅后，袁世凯也大为不快。在其授意下，汪精卫随后致电上海，要黄兴给予解释。12月9日，黄兴复电汪精卫，称自己被推为大元帅实属情非得已，因为南方阵营亟需统一，如袁世凯“能顾及大局”，与民军采取“一致之行动”并迅速推倒满清政府的话，那么“中华民国大统领之位断推举项城无疑”。
有了黄兴的保证，唐绍仪代表团仍按计划南下武昌议和。此时，原在武汉开会的各省代表则按12月4日的决议先后到达南京。12月14日，“各省代表会”召开全体代表会议，之后选出浙江代表汤尔和为议长，广东代表王宠惠为副议长，福建代表潘祖彝为书记，会议追认了汉口所议定的《中华民国临时政府组织大纲》，并议决于12月16 日开会选举临时大总统。
