戴维斯身为战时总统，令他常常感到困扰的是南部各州领导人不愿听命于中央政府。为了保护各自地盘，执意不愿为邦联军队作战贡献人力物力。不过，戴维斯的绝大多数问题源于其本人个性。此人生性骄傲自大，教条顽固，对他人主动提出批评建议常怀恨在心，一心想将邦联总司令与陆军司令二职一人独揽。戴维斯意图在大小军事战略决策上独断专行，以自认为合适的方式作战。其旧日好友陆军副官长塞缪尔·库珀（Samuel Cooper）虽然身为邦联军中级别最高的将领，但因年事已高，对戴维斯鲜有帮助。此外，库珀的北部背景也令其长期以来一直成为戴维斯的怀疑对象。
随着进入1862年，战事不如想象般进展顺利，戴维斯因此成为批评的对象。他于是要求邦联国会设立陆军司令一职。然而当议员们奉命行事时，戴维斯却以侵犯总统权力为名否决了这一提案，随后自作主张，设立军事顾问一职，并提名罗伯特·E·李担任该职，但是强调李下令进行的一切军事行动必须得到他本人的批准。李不久便辞去顾问一职，出任北弗吉尼亚兵团战区司令。而戴维斯竟然让军事顾问一职空缺达20个月之久，不向手下征求任何职业指导，战事完全由自己独断专行。实际上，由于戴维斯对陆军部长的职责和决定横加干涉，到头来几乎与所有将领都发生过争执，因此在四年里竟走马灯似的更换了五任陆军部长。
1864年，眼看战局每况愈下，戴维斯终于设立参谋长一职。然而，他却将这一职务授予了布拉克斯顿·布拉格（Braxton Bragg）将军（后者因1862年和1863年在田纳西州屡次犯错而备受诟病），这也体现出他任人唯亲的特点。布拉格从未挑战过戴维斯的权威，因此这位总统大人继续指挥着战略和邦联野战部队的所有行动。
最终，当1865年2月邦联面临兵败之际，国会方才正式成立陆军司令办公室，号令全军。戴维斯任命李出任该职。但由于其早已声明陆军司令必须听命于总司令，李自然不会挑战这一立场。因此，内战期间的军事事务自始至终由戴维斯一人把持。
由此看来，戴维斯的战时指挥与亚伯拉罕·林肯的战争领导艺术截然不同。不仅未展现出丝毫战略眼光与政治魅力，也没有对指挥参谋机构的发展起到任何推动作用。诚然，南部的军事失败不能完全归咎于戴维斯一人，但他在邦联军事事务指挥上固执己见，不能容忍任何中肯的批评建议，并拒绝分享指挥决定权，不能不说这是导致南部在1865年战败的一个重要原因。
