林肯对麦克莱伦虽然身为陆军司令却不思进取、缺乏远见深感不满。当这位人缘不错的将军在1862年3月开始的弗吉尼亚半岛战役中擅离职守长达五个月时，林肯终于将其革职，并在陆军部长埃德温·M·斯坦顿（Edwin M. Stanton）和陆军各局首脑组成的“陆军委员会”的辅佐之下，亲自担任陆上部队司令。林肯此举事实上已经创立了陆军的首个总参谋部。
1862年7月，林肯重新启用陆军司令。他从西部战区调来亨利·W·哈勒克（Henry W. Halleck）少将出任该职。哈勒克尽管有充分的理由证明自己配得上深谙军务的专家的美誉，却丝毫算不上综合战略家。哈勒克虽然作为管理者颇有能力，但为人优柔寡断，处事犹豫不决。林肯于是只让他保留陆军司令头衔，以便管理军队，而自己却在接下来的一年半时间里以总司令的身份执行陆军司令的职责。因此，正是林肯作为总战略家和全体陆上部队的司令，在陆军委员会的协助下，指挥联邦军队度过了最为艰险的危机时刻。
1864年3月，国会在林肯的要求下设立中将军衔（当时的陆军最高军衔），并且规定被授予中将军衔的人可以同时担任陆军司令（即陆上部队司令）。林肯很快任命在维克斯堡和查塔努加战役中双双告捷的尤里西斯·S·格兰特为中将兼陆军司令。
格兰特没有丝毫耽搁，立即向东进发，按照符合其总司令思路的方式指挥战争，通过采取歼灭战术，对邦联军队发动全线进攻，尤其重点进攻罗伯特·E·李指挥的北弗吉尼亚兵团。格兰特的战术便是进攻、进攻、再进攻，不顾伤亡，一路南下，直捣里士满，同时让邦联军队流尽最后一滴血。林肯终于找到了这样一位将军，能够理解并且将自己进攻敌军而非地点的理念付诸实践。格兰特其人正如林肯评价时所言，“他在杀敌”。
与此同时，哈勒克“明升暗降”，在1864年3月出任参谋长，光荣地承担起在林肯、格兰特和联邦陆军各部门指挥官之间保持联系的重大使命。这样一来，到战争结束时，林肯作为毫无争议的北部政治精神领袖，已将自己的制胜战略灌输给手下的军事指挥官们，同时在陆军中建立起了一套现代指挥参谋体系。这位业余军人完全配得上身为国家战时总统的荣誉。
反观杰斐逊·戴维斯，尽管不能将过错完全归咎于其本人，但他虽然身为职业军人，却是一位不称职的战时总统。戴维斯出生在肯塔基州，1828年毕业于西点军校，此后七年一直在陆军正规军服役。他在辞去军职之后曾在密西西比州开办庄园，投身政界，并进入国会；美墨战争期间身为密西西比第1步兵团上校，因在布韦纳维斯塔战役中勇武善战而声名鹊起，后成为美国参议员，期间在富兰克林·皮尔斯总统手下担任陆军部长，表现出色；1861年2月最终在亚拉巴马州蒙哥马利市宣誓成为“美利坚诸州同盟”临时总统,一年后在里士满正式就任总统。
